More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4061 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 149 aa  298  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04990  TolR-like protein  76.51 
 
 		 147 aa  230  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0118688  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  70.75 
 
 		 148 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  61.49 
 
 		 146 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  61.49 
 
 		 146 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  57.24 
 
 		 150 aa  174  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  57.24 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  57.24 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  57.24 
 
 		 150 aa  173  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  55.63 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.63 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56 
 
 		 153 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.61 
 
 		 150 aa  167  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  53.95 
 
 		 150 aa  164  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.45 
 
 		 144 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.15 
 
 		 148 aa  123  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.07 
 
 		 144 aa  122  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.76 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.76 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.45 
 
 		 144 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  41.38 
 
 		 145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.06 
 
 		 145 aa  118  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  41.38 
 
 		 145 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  42.07 
 
 		 144 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.76 
 
 		 142 aa  116  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.45 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  40.69 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  43.45 
 
 		 144 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  44.37 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 148 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  40 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  43.26 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.76 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.76 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  40.88 
 
 		 142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  41.84 
 
 		 148 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.69 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  42.45 
 
 		 147 aa  104  3e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  42.45 
 
 		 147 aa  104  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  42.18 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  42.18 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  43.26 
 
 		 138 aa  103  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.78 
 
 		 145 aa  103  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  40 
 
 		 173 aa  100  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  39.46 
 
 		 139 aa  99  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.94 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 		 144 aa  97.8  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.62 
 
 		 149 aa  97.4  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  45.99 
 
 		 141 aa  96.3  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.07 
 
 		 137 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.52 
 
 		 156 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  36.49 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.44 
 
 		 137 aa  95.9  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  36.49 
 
 		 139 aa  95.5  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.14 
 
 		 143 aa  94.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 		 156 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  35.42 
 
 		 167 aa  94.7  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.1 
 
 		 141 aa  94.4  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  39.26 
 
 		 156 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  40.13 
 
 		 152 aa  94  6e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 147 aa  94  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.61 
 
 		 138 aa  94  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 162 aa  94  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.06 
 
 		 154 aa  92.8  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.54 
 
 		 152 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.92 
 
 		 176 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.17 
 
 		 166 aa  92.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  33.33 
 
 		 139 aa  90.9  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.21 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.21 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.21 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.21 
 
 		 176 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 		 149 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  37.78 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.73 
 
 		 151 aa  89.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 139 aa  89.7  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  40.58 
 
 		 151 aa  89.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  37.78 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.29 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  39.04 
 
 		 142 aa  89.4  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  36.43 
 
 		 150 aa  88.6  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.73 
 
 		 151 aa  89  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 		 140 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  37.04 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  35.21 
 
 		 139 aa  87.4  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  35.29 
 
 		 140 aa  87.4  6e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.68 
 
 		 158 aa  87.4  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.96 
 
 		 153 aa  87.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.31 
 
 		 158 aa  87  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1431  tolR membrane protein  35.86 
 
 		 146 aa  86.7  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.87088e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  31.85 
 
 		 140 aa  86.3  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 		 141 aa  86.7  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.82 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>