More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0148 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0148  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 133 aa  262  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4333  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  95.49 
 
 		 133 aa  223  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.737829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2641  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.69 
 
 		 133 aa  170  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21690  Biopolymer transport protein ExbD  59.4 
 
 		 133 aa  130  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.57898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21810  Biopolymer transport protein ExbD  59.4 
 
 		 133 aa  130  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0284842  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08060  Biopolymer transport protein ExbD  59.4 
 
 		 133 aa  130  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0281  transport protein ExbD  56.39 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02510  transport protein ExbD  56.39 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00171764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.14 
 
 		 133 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0220  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.14 
 
 		 133 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.594277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3739  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.89 
 
 		 133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4482  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.14 
 
 		 134 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.728082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  45.52 
 
 		 153 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2289  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.89 
 
 		 133 aa  122  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.115279  decreased coverage  0.0000286842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0297  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.89 
 
 		 133 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0599369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  44.12 
 
 		 153 aa  120  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  44.12 
 
 		 153 aa  120  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1558  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.13 
 
 		 135 aa  117  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.125245  hitchhiker  0.000666739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0137  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.88 
 
 		 133 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.421309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0269  biopolymer transport protein ExbD, putative  51.13 
 
 		 133 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0672  TonB system transport protein ExbD  50.38 
 
 		 134 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.678508  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3535  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.79 
 
 		 136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0276674  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2483  TonB system transport protein ExbD  56.91 
 
 		 123 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.316653  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3984  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.79 
 
 		 136 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.357601  normal  0.130758 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  43.8 
 
 		 158 aa  110  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2603  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.03 
 
 		 136 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.247774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 154 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  42.5 
 
 		 173 aa  106  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  41.79 
 
 		 139 aa  104  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.54 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  38.81 
 
 		 139 aa  104  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  40.6 
 
 		 133 aa  104  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.24 
 
 		 136 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.798627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 		 151 aa  103  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.55 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.22 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  38.06 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  38.84 
 
 		 150 aa  100  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.46 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  37.96 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  38.02 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  43.18 
 
 		 156 aa  99  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  38.02 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.2 
 
 		 149 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  44.54 
 
 		 157 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 153 aa  97.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.17 
 
 		 167 aa  97.4  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0443  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.36 
 
 		 136 aa  97.1  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.102103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0670  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.36 
 
 		 136 aa  97.1  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.198674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  40.48 
 
 		 152 aa  97.1  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  38.33 
 
 		 149 aa  96.7  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.82 
 
 		 176 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.82 
 
 		 176 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.82 
 
 		 176 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.82 
 
 		 176 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 139 aa  95.5  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.82 
 
 		 176 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  38.66 
 
 		 152 aa  95.9  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  39.67 
 
 		 145 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  37.9 
 
 		 140 aa  95.1  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 142 aa  94.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 		 138 aa  94.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 140 aa  94.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 140 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 		 150 aa  94.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 		 136 aa  94.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.52 
 
 		 139 aa  94.4  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 140 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 		 144 aa  94.7  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  36.76 
 
 		 155 aa  94.4  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 		 136 aa  94.4  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  37.19 
 
 		 152 aa  93.6  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  37.4 
 
 		 151 aa  93.6  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  37.4 
 
 		 151 aa  93.6  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  37.7 
 
 		 134 aa  93.6  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  39.67 
 
 		 147 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.84 
 
 		 155 aa  92.8  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 		 142 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.16 
 
 		 147 aa  92.8  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.368012 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  38.52 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 		 136 aa  92  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 		 149 aa  91.7  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.61 
 
 		 135 aa  91.3  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  38.02 
 
 		 156 aa  90.9  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.02 
 
 		 156 aa  90.9  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.19 
 
 		 137 aa  90.9  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.54 
 
 		 141 aa  90.5  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  35.29 
 
 		 152 aa  90.5  7e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 143 aa  90.1  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  38.89 
 
 		 143 aa  90.1  8e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  34.71 
 
 		 148 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2163  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.32 
 
 		 131 aa  90.1  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0401461  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  36.07 
 
 		 147 aa  89.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>