More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2483 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2483  TonB system transport protein ExbD  100 
 
 		 123 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.316653  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2289  biopolymer transport protein ExbD/TolR  95.12 
 
 		 133 aa  204  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.115279  decreased coverage  0.0000286842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0220  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.87 
 
 		 133 aa  193  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.594277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0297  biopolymer transport protein ExbD/TolR  90.24 
 
 		 133 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0599369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  88.62 
 
 		 133 aa  190  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02510  transport protein ExbD  86.99 
 
 		 133 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00171764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0281  transport protein ExbD  86.99 
 
 		 133 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08060  Biopolymer transport protein ExbD  82.11 
 
 		 133 aa  171  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21810  Biopolymer transport protein ExbD  82.11 
 
 		 133 aa  171  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0284842  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21690  Biopolymer transport protein ExbD  82.11 
 
 		 133 aa  171  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.57898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0269  biopolymer transport protein ExbD, putative  69.92 
 
 		 133 aa  148  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0137  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.11 
 
 		 133 aa  147  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.421309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3739  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.29 
 
 		 133 aa  144  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.85 
 
 		 136 aa  121  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.798627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1558  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.02 
 
 		 135 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.125245  hitchhiker  0.000666739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.33 
 
 		 139 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0148  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.91 
 
 		 133 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  43.33 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3535  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.92 
 
 		 136 aa  110  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0276674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  47.97 
 
 		 139 aa  110  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  47.15 
 
 		 139 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4333  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.1 
 
 		 133 aa  110  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.737829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2641  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.56 
 
 		 133 aa  110  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  46.67 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4482  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.67 
 
 		 134 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.728082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3984  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.1 
 
 		 136 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.357601  normal  0.130758 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0672  TonB system transport protein ExbD  50.83 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.678508  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  44.54 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.8 
 
 		 154 aa  104  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  44.54 
 
 		 153 aa  104  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.62 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  44.54 
 
 		 153 aa  104  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2603  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.28 
 
 		 136 aa  103  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.247774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.44 
 
 		 151 aa  103  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45 
 
 		 138 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  42.5 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  42.15 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  42.15 
 
 		 134 aa  101  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  42.5 
 
 		 146 aa  101  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  44.17 
 
 		 173 aa  101  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  41.32 
 
 		 150 aa  101  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  41.32 
 
 		 150 aa  101  4e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 		 149 aa  100  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  39.84 
 
 		 147 aa  99.8  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 		 176 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 		 150 aa  98.6  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 		 176 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 		 176 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 		 176 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.46 
 
 		 173 aa  98.2  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.17 
 
 		 166 aa  98.2  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.33 
 
 		 176 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.19 
 
 		 136 aa  97.4  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 149 aa  97.4  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.19 
 
 		 136 aa  97.4  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  45 
 
 		 157 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3325  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.67 
 
 		 137 aa  97.1  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.110206  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.67 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0443  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.16 
 
 		 136 aa  95.9  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.102103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0670  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.16 
 
 		 136 aa  95.9  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.198674  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.52 
 
 		 149 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.13 
 
 		 159 aa  95.9  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  46.22 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.5 
 
 		 141 aa  95.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  36.97 
 
 		 140 aa  95.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.33 
 
 		 155 aa  95.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 		 139 aa  95.1  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  41.32 
 
 		 156 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  39.84 
 
 		 140 aa  94.4  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  39.02 
 
 		 152 aa  94.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.32 
 
 		 156 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.98 
 
 		 139 aa  94.4  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.02 
 
 		 137 aa  94.4  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.34 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.15 
 
 		 156 aa  94  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.5 
 
 		 148 aa  93.6  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3472  protein TolR  47.93 
 
 		 137 aa  93.6  7e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0578496  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  40 
 
 		 149 aa  93.6  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  42.98 
 
 		 138 aa  93.6  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  37.3 
 
 		 167 aa  92.8  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.5 
 
 		 143 aa  93.2  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 141 aa  92.8  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.02 
 
 		 137 aa  93.2  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.67 
 
 		 143 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.67 
 
 		 154 aa  92.8  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  35 
 
 		 147 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 138 aa  91.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  46.34 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  39.67 
 
 		 140 aa  92  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  33.61 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  42.74 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.34 
 
 		 153 aa  91.3  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.34 
 
 		 139 aa  91.3  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.218457 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.31 
 
 		 148 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  42.74 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.74 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.21 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  35.83 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 		 147 aa  90.9  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>