250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0309 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0309  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 190 aa  384  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.882882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4431  putative PAS/PAC sensor protein  75 
 
 		 186 aa  271  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  44.79 
 
 		 491 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  44.79 
 
 		 411 aa  91.3  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  34.51 
 
 		 531 aa  91.3  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  36.55 
 
 		 533 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  36.55 
 
 		 533 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  45.83 
 
 		 164 aa  89  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 375 aa  87.8  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  41.32 
 
 		 365 aa  87  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  47.92 
 
 		 354 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  47.92 
 
 		 354 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 		 559 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 888 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  43.86 
 
 		 570 aa  86.7  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  38.1 
 
 		 534 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  45.83 
 
 		 360 aa  84.3  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  35.71 
 
 		 534 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  38.71 
 
 		 541 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  38.71 
 
 		 541 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 890 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  37.4 
 
 		 507 aa  82.8  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  42.34 
 
 		 369 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 		 814 aa  82  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  35.77 
 
 		 544 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  42.57 
 
 		 901 aa  81.3  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  34.92 
 
 		 541 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 		 488 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  41.67 
 
 		 345 aa  79.7  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  41.38 
 
 		 364 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.27 
 
 		 812 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 		 354 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 		 503 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.93 
 
 		 929 aa  78.6  0.00000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  34.96 
 
 		 533 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  41.67 
 
 		 488 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 		 488 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  40.4 
 
 		 539 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.27 
 
 		 578 aa  77.4  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  40.4 
 
 		 534 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 		 812 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  39 
 
 		 544 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.82 
 
 		 913 aa  75.9  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2228  PAS domain-containing protein  32.17 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  42.71 
 
 		 760 aa  76.3  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0904  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  37.5 
 
 		 463 aa  75.1  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  39.58 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  37.5 
 
 		 463 aa  73.9  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  39.18 
 
 		 580 aa  73.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  38.78 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 654 aa  72.8  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  31.86 
 
 		 150 aa  70.9  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41 
 
 		 1238 aa  70.9  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  37.5 
 
 		 103 aa  70.9  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  35.07 
 
 		 644 aa  70.9  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 		 477 aa  70.1  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  37 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  41.3 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 366 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 338 aa  68.9  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  34.62 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4613  putative PAS/PAC sensor protein  35.16 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.444342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  35 
 
 		 734 aa  68.6  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 		 152 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.24 
 
 		 922 aa  68.2  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.52 
 
 		 723 aa  67.8  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  30.19 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15468  predicted protein  41.11 
 
 		 120 aa  67.4  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242872  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 		 1820 aa  67  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4629  sensory box protein  35.54 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0376  putative PAS/PAC sensor protein  41.75 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000066026  normal  0.449331 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.02 
 
 		 1021 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1000  LuxR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.745862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  29.56 
 
 		 366 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  41.77 
 
 		 108 aa  66.2  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.24 
 
 		 1877 aa  66.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  38.38 
 
 		 1178 aa  65.1  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 		 587 aa  65.1  0.0000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  36.21 
 
 		 920 aa  64.7  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51933  hypothetical protein  35.71 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.216108  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 481 aa  64.7  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 481 aa  64.7  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03435  GATA-factor [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q7ZA36]  36.67 
 
 		 837 aa  63.9  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.310555 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4489  putative PAS/PAC sensor protein  34.71 
 
 		 142 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  36.08 
 
 		 110 aa  64.3  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  31.16 
 
 		 680 aa  63.2  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  34.02 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.28 
 
 		 1017 aa  62.8  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 959 aa  62  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.16 
 
 		 1040 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.21 
 
 		 1090 aa  61.2  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  35.9 
 
 		 1317 aa  61.2  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  31.82 
 
 		 151 aa  61.2  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0896  sensor protein  34.02 
 
 		 158 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.5 
 
 		 905 aa  60.1  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.87 
 
 		 836 aa  59.7  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 581 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 		 148 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>