More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3938 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3938  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  555  1e-157  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0402933  decreased coverage  0.000431785 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4505  transcriptional regulator, LysR family  58.78 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1309  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  51.34 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1027  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36530  transcriptional regulator  52.63 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  45.36 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2541  ArsR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204275  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  38.27 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 331 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 333 aa  105  9e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 294 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 308 aa  92.4  7e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 315 aa  89  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  29.76 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 338 aa  85.9  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  32.03 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  22.15 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  27.33 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  31.15 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.94 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.51 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  25.51 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.32 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.25 
 
 		 290 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  30.93 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.91 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.91 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.91 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>