More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4403 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 303 aa  595  1e-169  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 301 aa  272  7e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  43.55 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  44.7 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1897  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0474391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  32.11 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  34.54 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  32.67 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 308 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 300 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  29.7 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  32.01 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 288 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 308 aa  94.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 312 aa  92.8  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  92.8  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 375 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.26 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 297 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  30.45 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  28.39 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>