More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2187 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 309 aa  598  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  49.17 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  38.18 
 
 		 312 aa  162  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  33.88 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1602  fhu operon transcriptional regulator  30.82 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  37.6 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 309 aa  116  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 333 aa  115  8.999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  32.97 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  37.65 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  34.51 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  32.62 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 331 aa  105  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  32.81 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 314 aa  102  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.16 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1853  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 350 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54026 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  34.76 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.87 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 311 aa  96.7  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 328 aa  96.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 294 aa  96.7  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.53 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4073  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.127902  normal  0.817309 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>