More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2134 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 287 aa  552  1e-156  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  52.46 
 
 		 291 aa  276  4e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  52.68 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 316 aa  199  6e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 333 aa  179  5.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  39.24 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  46.55 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  41.57 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  42.76 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  38.65 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  40.16 
 
 		 288 aa  152  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  38.99 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 338 aa  142  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  41.8 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  41.2 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  37.65 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 301 aa  135  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1853  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 350 aa  136  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54026 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  37.24 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  39.03 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 302 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 321 aa  125  7e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 304 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  35.46 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 314 aa  118  9e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  34.14 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  36.05 
 
 		 309 aa  115  7.999999999999999e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  31.95 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 293 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 295 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 375 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>