More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3999 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  588  1e-167  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  57.24 
 
 		 310 aa  290  3e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  55.71 
 
 		 304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2541  ArsR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204275  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1027  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4505  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1309  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 338 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36530  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  35.97 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  31.1 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3938  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0402933  decreased coverage  0.000431785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2616  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000734486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  32.28 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 334 aa  103  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  33.45 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 315 aa  99.4  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  32.23 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 310 aa  95.9  9e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 339 aa  95.1  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4593  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314026  normal  0.0384972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  30.23 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 298 aa  93.2  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  50.91 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 308 aa  90.5  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 347 aa  89.4  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>