More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0450 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 310 aa  605  9.999999999999999e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  57.24 
 
 		 311 aa  290  3e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  54.38 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2541  ArsR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204275  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4505  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 333 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1027  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 305 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1309  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36530  transcriptional regulator  37.77 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  32.05 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 311 aa  102  9e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3938  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0402933  decreased coverage  0.000431785 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  29.7 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  30.79 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  31.73 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 312 aa  95.9  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 304 aa  95.9  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 331 aa  95.1  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 327 aa  95.1  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  29.84 
 
 		 303 aa  92.4  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 375 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 306 aa  89.4  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 288 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 339 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  32.55 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.29 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.55 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.365024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>