More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4824 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  599  1e-170  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17190  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00132066  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 333 aa  132  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  36.76 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 328 aa  126  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  35.21 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 339 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 331 aa  123  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  31.05 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  36.65 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 306 aa  102  7e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 314 aa  99.4  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1602  fhu operon transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  96.7  5e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  34.55 
 
 		 327 aa  95.1  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  92.8  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  28.46 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  28.46 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  26.9 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2616  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000734486  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  29.79 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.18 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.45 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>