More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2508 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 316 aa  618  1e-176  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17190  transcriptional regulator  54.36 
 
 		 308 aa  265  7e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00132066  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  53.45 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 291 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  35.64 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  41.74 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 333 aa  135  7.000000000000001e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  35.47 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 316 aa  122  5e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 304 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  34.49 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 327 aa  116  5e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  32.44 
 
 		 327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  37.6 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 347 aa  105  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  35.02 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1853  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54026 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 375 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 311 aa  96.3  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  31.73 
 
 		 310 aa  95.9  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 288 aa  92.4  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 301 aa  89.7  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 343 aa  89.7  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  28.53 
 
 		 303 aa  89.4  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2541  ArsR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>