More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1422 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  65.45 
 
 		 309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  43.37 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  36 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  40.57 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 324 aa  159  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 328 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 375 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  34.94 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  37.03 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  34.72 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 307 aa  126  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 338 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  36.32 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_003296  RS03179  transcription regulator protein  31.12 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379949  normal  0.13271 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  31.08 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  32.77 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1853  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54026 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 320 aa  108  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>