More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_36530 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_36530  transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4505  transcriptional regulator, LysR family  53.8 
 
 		 299 aa  248  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  48.68 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1309  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1027  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 305 aa  218  2e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3938  transcriptional regulator, LysR family  52.88 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0402933  decreased coverage  0.000431785 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  41.88 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2541  ArsR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204275  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  37.38 
 
 		 310 aa  129  9.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 333 aa  112  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  33.21 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 309 aa  99  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  99.4  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 338 aa  82.4  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 303 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  29.74 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  31.54 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  28.42 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.23 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.9 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.9 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.81 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.53 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  29.23 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  25.61 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.04 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  30.84 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  27.04 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  29.14 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  30.69 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 328 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0282  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>