More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3649 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3649  lipoprotein signal peptidase  100 
 
 		 164 aa  328  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0184315  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3756  lipoprotein signal peptidase  91.41 
 
 		 164 aa  279  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4314  lipoprotein signal peptidase  72.22 
 
 		 163 aa  233  8e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00081258  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3597  lipoprotein signal peptidase  61.78 
 
 		 161 aa  205  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000941199  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0352  lipoprotein signal peptidase  59.75 
 
 		 162 aa  204  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.947194  normal  0.0144306 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0982  lipoprotein signal peptidase  58.23 
 
 		 162 aa  203  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000103329  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3135  lipoprotein signal peptidase  67.09 
 
 		 160 aa  202  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.269423  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3687  lipoprotein signal peptidase  53.75 
 
 		 164 aa  179  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2454  lipoprotein signal peptidase  50.63 
 
 		 161 aa  173  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.996956  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1239  lipoprotein signal peptidase  41.36 
 
 		 165 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.261124  normal  0.0513456 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0386  lipoprotein signal peptidase  45.51 
 
 		 178 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.000832352  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0487  lipoprotein signal peptidase  43.75 
 
 		 178 aa  127  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11790  lipoprotein signal peptidase  41.83 
 
 		 167 aa  123  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1860  signal peptidase II  45 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1190  lipoprotein signal peptidase  42.04 
 
 		 160 aa  121  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5199  lipoprotein signal peptidase  42.21 
 
 		 169 aa  121  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.864833  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0265  lipoprotein signal peptidase  39.39 
 
 		 166 aa  121  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0465894 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60360  lipoprotein signal peptidase  42.21 
 
 		 169 aa  121  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000409977 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1292  lipoprotein signal peptidase  42.86 
 
 		 176 aa  120  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2254  signal peptidase II  42.38 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0126401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1858  signal peptidase II  45.71 
 
 		 157 aa  118  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1893  lipoprotein signal peptidase  42.95 
 
 		 202 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2146  signal peptidase II  43.15 
 
 		 159 aa  117  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137647  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1183  signal peptidase II  37.58 
 
 		 180 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0711  lipoprotein signal peptidase  45.1 
 
 		 168 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.395122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0123  lipoprotein signal peptidase  40.94 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0839092  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0807  lipoprotein signal peptidase  43.79 
 
 		 173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1431  lipoprotein signal peptidase  41.51 
 
 		 169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0954  lipoprotein signal peptidase  40.99 
 
 		 169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3217  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 163 aa  115  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4558  lipoprotein signal peptidase  44.37 
 
 		 171 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.21418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1117  lipoprotein signal peptidase  42.65 
 
 		 165 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.149841  normal  0.0706096 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1195  lipoprotein signal peptidase  42.04 
 
 		 176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0349853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0604  lipoprotein signal peptidase  42.66 
 
 		 176 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.975545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3045  lipoprotein signal peptidase  41.06 
 
 		 159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4851  lipoprotein signal peptidase  42.07 
 
 		 170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2143  signal peptidase II  39.87 
 
 		 156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0645  lipoprotein signal peptidase  42.66 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.11552 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1352  lipoprotein signal peptidase  40.52 
 
 		 235 aa  112  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136242  normal  0.167028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3047  signal peptidase II  43.95 
 
 		 164 aa  111  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0650  lipoprotein signal peptidase  42.96 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2459  lipoprotein signal peptidase  42.67 
 
 		 173 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.417163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1040  lipoprotein signal peptidase  38.27 
 
 		 155 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000244755  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0185  lipoprotein signal peptidase  37.34 
 
 		 165 aa  110  9e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2113  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0966  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2243  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551645  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1121  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2655  lipoprotein signal peptidase  41.61 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1034  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2659  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261426  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0970  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3720  lipoprotein signal peptidase  40.26 
 
 		 152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00905453  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3945  lipoprotein signal peptidase  40.26 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000105724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3938  lipoprotein signal peptidase  40.26 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000501111  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0769  lipoprotein signal peptidase  41.94 
 
 		 166 aa  108  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63005  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2555  lipoprotein signal peptidase  39.49 
 
 		 169 aa  108  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00974385 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03029  lipoprotein signal peptidase  41.03 
 
 		 182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.810128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1100  lipoprotein signal peptidase  42.21 
 
 		 170 aa  107  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.955311  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2338  lipoprotein signal peptidase  41.33 
 
 		 174 aa  107  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.18883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5385  lipoprotein signal peptidase  42.21 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37962 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2542  lipoprotein signal peptidase  40.26 
 
 		 152 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0674041  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2207  lipoprotein signal peptidase  43.79 
 
 		 151 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0303481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1267  lipoprotein signal peptidase  40.13 
 
 		 170 aa  106  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131578  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2727  lipoprotein signal peptidase  40.67 
 
 		 174 aa  105  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1323  lipoprotein signal peptidase  42.55 
 
 		 152 aa  106  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3177  lipoprotein signal peptidase  41.89 
 
 		 164 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3230  lipoprotein signal peptidase  42.96 
 
 		 179 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0555  lipoprotein signal peptidase  41.96 
 
 		 152 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.803857  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0710  lipoprotein signal peptidase  41.96 
 
 		 152 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108511 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0195  lipoprotein signal peptidase  37.27 
 
 		 163 aa  105  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1255  lipoprotein signal peptidase  37.72 
 
 		 163 aa  104  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1280  lipoprotein signal peptidase  37.72 
 
 		 163 aa  104  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4229  lipoprotein signal peptidase  37.42 
 
 		 168 aa  104  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.266217  hitchhiker  0.00107188 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0509  lipoprotein signal peptidase  40.13 
 
 		 163 aa  105  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1671  lipoprotein signal peptidase  40.13 
 
 		 165 aa  104  5e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1157  lipoprotein signal peptidase  39.24 
 
 		 171 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.355443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1122  lipoprotein signal peptidase  39.24 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1055  lipoprotein signal peptidase  39.24 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2231  lipoprotein signal peptidase  39.38 
 
 		 189 aa  103  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3234  lipoprotein signal peptidase  39.24 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3160  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.366988  normal  0.0125166 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4493  lipoprotein signal peptidase  35.8 
 
 		 180 aa  102  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.124328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0806  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.699045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05536  lipoprotein signal peptidase  35.85 
 
 		 166 aa  102  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192233  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0782  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000363425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3274  lipoprotein signal peptidase  40.67 
 
 		 171 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00894133  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1459  lipoprotein signal peptidase  37.82 
 
 		 163 aa  101  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.419525 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1287  lipoprotein signal peptidase  40.82 
 
 		 149 aa  101  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0748457  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09320  lipoprotein signal peptidase  37.67 
 
 		 145 aa  101  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00061275  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0549  lipoprotein signal peptidase  38.22 
 
 		 170 aa  101  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.380101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1084  lipoprotein signal peptidase  41.45 
 
 		 170 aa  101  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3994  lipoprotein signal peptidase  40.91 
 
 		 152 aa  101  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000820029  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0573  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  101  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3744  lipoprotein signal peptidase  40.91 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00517012  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3635  lipoprotein signal peptidase  40.91 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00213979  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3652  lipoprotein signal peptidase  40.91 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000204349  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3907  lipoprotein signal peptidase  40.91 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000548028 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4032  lipoprotein signal peptidase  40.91 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000325041  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0909  lipoprotein signal peptidase  39.1 
 
 		 151 aa  101  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.184208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>