88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2053 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2053  phage integrase-like SAM-like  100 
 
 		 141 aa  281  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.227287  normal  0.287411 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3734  phage integrase-like SAM-like  95.2 
 
 		 323 aa  239  7.999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  69.78 
 
 		 395 aa  191  4e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  63.24 
 
 		 364 aa  168  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  63.24 
 
 		 364 aa  168  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  61.34 
 
 		 344 aa  146  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  54.07 
 
 		 367 aa  144  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  64.29 
 
 		 312 aa  110  5e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  43.85 
 
 		 373 aa  104  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1426  phage integrase family protein  39.29 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  32.54 
 
 		 361 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0512  phage integrase family protein  46.91 
 
 		 399 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5418  phage integrase family protein  46.91 
 
 		 399 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.135045 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5398  phage integrase family protein  46.91 
 
 		 399 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.525123 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  32.35 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  32.8 
 
 		 519 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  31.75 
 
 		 361 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  28.18 
 
 		 370 aa  67  0.00000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  31.82 
 
 		 384 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3896  phage integrase family protein  36.03 
 
 		 393 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466642 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5935  phage integrase family protein  36.03 
 
 		 393 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3904  phage integrase family protein  36.03 
 
 		 393 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.156918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0478  phage integrase family protein  36.03 
 
 		 393 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3740  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3603  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00185249  normal  0.0618764 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3585  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0961554  normal  0.0104097 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3469  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00208728  normal  0.0117425 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1215  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0266422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3044  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00169579  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3698  integrase family protein  31.39 
 
 		 393 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0843425  normal  0.150744 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3803  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 388 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.704516  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1934  phage integrase  33.33 
 
 		 388 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3970  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 388 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  29.09 
 
 		 360 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  29.84 
 
 		 314 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  33.04 
 
 		 298 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  32.43 
 
 		 400 aa  47.8  0.00006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 		 297 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  37.76 
 
 		 320 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  32.63 
 
 		 299 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3532  phage integrase  31.3 
 
 		 411 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.346968  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2147  phage integrase  31.3 
 
 		 411 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3611  integrase domain protein SAM domain protein  31.58 
 
 		 399 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00442535  normal  0.0137307 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0166  integrase domain-containing protein  33 
 
 		 474 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  31.63 
 
 		 313 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.04 
 
 		 295 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5285  phage integrase family protein  30.51 
 
 		 388 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4520  phage integrase family protein  30 
 
 		 400 aa  44.3  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167996  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  30.93 
 
 		 299 aa  44.7  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  29.82 
 
 		 297 aa  44.7  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  30.17 
 
 		 308 aa  44.3  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  35.56 
 
 		 308 aa  43.9  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0993  phage integrase family protein  29.23 
 
 		 400 aa  43.9  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  31.68 
 
 		 294 aa  43.9  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  37.86 
 
 		 309 aa  43.9  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0753  tyrosine recombinase XerD subunit  32.99 
 
 		 297 aa  43.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000038176  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  31.73 
 
 		 314 aa  43.5  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.23 
 
 		 305 aa  43.5  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  32.67 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  29.2 
 
 		 338 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  33.98 
 
 		 313 aa  42.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  30.84 
 
 		 324 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  32.74 
 
 		 311 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0891  integrase family protein  36 
 
 		 306 aa  42.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  40 
 
 		 312 aa  42.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0004  phage integrase family site specific recombinase  27.55 
 
 		 336 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1015  integrase/recombinase XerC, putative  27.55 
 
 		 336 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 322 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  21.21 
 
 		 310 aa  41.6  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  24.75 
 
 		 305 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  22.88 
 
 		 307 aa  40.8  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1210  phage integrase family protein  28.75 
 
 		 379 aa  40.8  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590479  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6252  phage integrase-like SAM-like  30.63 
 
 		 381 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.38 
 
 		 321 aa  40.4  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 304 aa  40.4  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  33.66 
 
 		 324 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  33.66 
 
 		 324 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  33.66 
 
 		 324 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  33.72 
 
 		 294 aa  40.4  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  31 
 
 		 293 aa  40.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0142  Phage integrase  28.09 
 
 		 343 aa  40  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  25.26 
 
 		 297 aa  40  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>