More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTOA0004 on replicon NC_004633
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0586  site-specific recombinase, phage integrase family  96.13 
 
 		 336 aa  659    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1015  integrase/recombinase XerC, putative  97.92 
 
 		 336 aa  670    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0004  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 336 aa  682    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  28.9 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  30.87 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  26.67 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  26.67 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  28.9 
 
 		 295 aa  89  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  26.67 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  25.86 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  24.03 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.53 
 
 		 310 aa  87  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 320 aa  85.9  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  31.64 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  31.64 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  31.64 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  25.48 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  29.69 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.88 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  25.48 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  30.39 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  29.93 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  25.48 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  29.08 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  29.32 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  28.81 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.33 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.84 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  27.1 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  27.24 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.33 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  29.8 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  28.16 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  26.75 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  27.7 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.33 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.33 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  29.71 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  29.71 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  27.78 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  26.35 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.53 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  28.69 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  29.71 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  27.74 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  27.93 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  24.44 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  26.88 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  29.47 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  30.21 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  25.26 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  28.49 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  25.25 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  31.62 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  28.15 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  27.57 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  26.35 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  26.26 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  29.11 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  25.31 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  27.12 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.91 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  28.34 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.85 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.01 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  25.97 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  24.56 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  26.33 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.07 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  25.82 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  24.25 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  28.03 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  26.28 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  28.28 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>