More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2122 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2122  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  100 
 
 
281 aa  557  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
281 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.27 
 
 
305 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.9 
 
 
295 aa  231  7.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
293 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
295 aa  122  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1542  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.01 
 
 
281 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.412621 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.91 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.35 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.57 
 
 
319 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
293 aa  115  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  30.15 
 
 
317 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
289 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.270331  normal  0.616396 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
301 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
281 aa  112  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
301 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
301 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
301 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
301 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
305 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
301 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
301 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.18822  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.43 
 
 
301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
301 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.87 
 
 
286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
295 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.4 
 
 
305 aa  108  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.167031  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  28.36 
 
 
281 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
314 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342399  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1370  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.1 
 
 
317 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
305 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
306 aa  107  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0668504  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  27.99 
 
 
281 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  28.3 
 
 
301 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
317 aa  106  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1012  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.39 
 
 
317 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.37913 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00861  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.74 
 
 
317 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00867  hypothetical protein  28.74 
 
 
317 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
331 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.203836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0916  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.53 
 
 
317 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.53 
 
 
317 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0959  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.74 
 
 
317 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
334 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0706374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0984  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.53 
 
 
317 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0952  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.53 
 
 
317 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1032  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.53 
 
 
317 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2740  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.74 
 
 
317 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0654072  normal  0.41994 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0884  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.98 
 
 
317 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.994731  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1599  spermidine/putrescine transport system permease protein  30.21 
 
 
293 aa  106  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120621  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2475  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.39 
 
 
317 aa  106  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.41505  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.86 
 
 
301 aa  106  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
307 aa  105  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
303 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.39 
 
 
267 aa  105  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
317 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
269 aa  104  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000222411  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0928  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.98 
 
 
317 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 
299 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1694  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.17 
 
 
321 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
318 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1647  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.29 
 
 
321 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.16764 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
287 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
319 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  26.89 
 
 
330 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.19 
 
 
314 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.24473  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
291 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0914889  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.55 
 
 
296 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
291 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
291 aa  102  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.75974  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
277 aa  102  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.069408  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2157  ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
311 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.75 
 
 
301 aa  102  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378424  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5874  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  28.24 
 
 
299 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
311 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  28.31 
 
 
286 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
285 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.844332  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  30.04 
 
 
324 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 
262 aa  101  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.93 
 
 
295 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0510016  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0017  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.93 
 
 
295 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.15 
 
 
285 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.418617  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.3 
 
 
285 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.93 
 
 
295 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.257053  normal  0.557332 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.78 
 
 
286 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
323 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.134658 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.11 
 
 
288 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
278 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
287 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.35 
 
 
299 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.88 
 
 
291 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.23 
 
 
302 aa  100  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
301 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
296 aa  99.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  27.8 
 
 
276 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
362 aa  99.4  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.48 
 
 
296 aa  99.4  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
262 aa  99  8e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.86 
 
 
324 aa  99  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>