More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1701 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  100 
 
 		 272 aa  564  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  44.49 
 
 		 252 aa  228  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  43.75 
 
 		 251 aa  223  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  41.54 
 
 		 254 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  39.34 
 
 		 262 aa  209  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  40.07 
 
 		 254 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  39.13 
 
 		 263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  41.18 
 
 		 251 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  37.41 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  38.56 
 
 		 228 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  38.56 
 
 		 228 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  38.1 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  37.67 
 
 		 223 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  39.16 
 
 		 148 aa  92.4  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  40.85 
 
 		 142 aa  92  9e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  37.58 
 
 		 143 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  39.31 
 
 		 149 aa  88.6  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  37.76 
 
 		 155 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  33.95 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  37.86 
 
 		 247 aa  87  3e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  37.14 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  39.87 
 
 		 185 aa  85.5  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  35.8 
 
 		 527 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  36.43 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1135  ribonuclease H  34.55 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  35 
 
 		 163 aa  82.4  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  35 
 
 		 163 aa  82.4  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  32.88 
 
 		 145 aa  81.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02181  ribonuclease HI  35.33 
 
 		 163 aa  80.9  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.959518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  30.11 
 
 		 163 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  35.17 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  35.17 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  35.66 
 
 		 147 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2183  RNase HI  30.63 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  32.88 
 
 		 161 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  32.87 
 
 		 149 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  34.97 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  35.66 
 
 		 147 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  35.66 
 
 		 147 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  34.23 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  32.89 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  35.66 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  36.36 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  35.66 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  35.66 
 
 		 147 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  38.46 
 
 		 153 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  33.53 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1567  ribonuclease HI  33.33 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02761  ribonuclease HI  33.33 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.175549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  36.11 
 
 		 160 aa  79  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  25.62 
 
 		 463 aa  79  0.00000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  32.03 
 
 		 220 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  38.39 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09420  RNase HI  33.99 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.226214 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  32.87 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  34.42 
 
 		 159 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3313  Ribonuclease H  32.87 
 
 		 157 aa  78.2  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  35.66 
 
 		 149 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  34.27 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  37.06 
 
 		 154 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  34.27 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  34.27 
 
 		 146 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  34.27 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  34.27 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  25.48 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  34.27 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  37.76 
 
 		 151 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2527  RNase HI  32.39 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  34.27 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1751  ribonuclease HI  39.05 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  35.17 
 
 		 149 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.99 
 
 		 532 aa  77  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  32.64 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  36.49 
 
 		 157 aa  76.6  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  38.22 
 
 		 154 aa  76.6  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  34.27 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  34.44 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  37.76 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  33.15 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2969  Ribonuclease H  37.75 
 
 		 157 aa  75.5  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  35.17 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  34.25 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  27.09 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  32.17 
 
 		 154 aa  74.7  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  32.17 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  32.64 
 
 		 151 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  33.33 
 
 		 150 aa  74.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  31.65 
 
 		 150 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  32.17 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  34.27 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  32.87 
 
 		 148 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  32.17 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  31.47 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  34.27 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  33.33 
 
 		 154 aa  74.3  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  33.57 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  34.27 
 
 		 151 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  31.47 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  35.14 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  31.94 
 
 		 153 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>