More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1199 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  100 
 
 		 145 aa  299  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2527  RNase HI  61.27 
 
 		 150 aa  166  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  50.36 
 
 		 147 aa  136  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  47.83 
 
 		 154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  47.83 
 
 		 154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  50.72 
 
 		 153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  49.64 
 
 		 149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  50.36 
 
 		 146 aa  127  7.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  47.14 
 
 		 154 aa  126  8.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  49.64 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  47.48 
 
 		 235 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  47.14 
 
 		 154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  47.41 
 
 		 147 aa  124  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  50 
 
 		 150 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  47.1 
 
 		 148 aa  123  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  42.66 
 
 		 153 aa  123  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  48.25 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  46.85 
 
 		 146 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  46.9 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  47.83 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  47.83 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  47.83 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  47.83 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  47.83 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  47.83 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  46.15 
 
 		 152 aa  121  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  48.92 
 
 		 220 aa  121  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  46.85 
 
 		 145 aa  120  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  46.85 
 
 		 151 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  46.38 
 
 		 148 aa  120  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  47.97 
 
 		 148 aa  120  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  47.97 
 
 		 148 aa  120  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  49.64 
 
 		 225 aa  120  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  46.38 
 
 		 148 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  46.85 
 
 		 151 aa  120  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  46.38 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  50 
 
 		 223 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  48.92 
 
 		 148 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  48.92 
 
 		 228 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  48.25 
 
 		 162 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02181  ribonuclease HI  45.93 
 
 		 163 aa  119  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.959518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  48.92 
 
 		 228 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  46.38 
 
 		 141 aa  118  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  46.76 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  45.65 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  45.65 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  46.76 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  46.76 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  42.25 
 
 		 149 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  46.04 
 
 		 150 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  46.04 
 
 		 148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  46.04 
 
 		 150 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  42.86 
 
 		 155 aa  117  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  48.18 
 
 		 252 aa  117  4.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  46.04 
 
 		 152 aa  117  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  41.73 
 
 		 150 aa  117  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  44.29 
 
 		 164 aa  117  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  47.41 
 
 		 247 aa  117  7e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  47.45 
 
 		 163 aa  117  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  45.65 
 
 		 147 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  46.38 
 
 		 154 aa  117  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  41.73 
 
 		 163 aa  116  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  48.25 
 
 		 161 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  45.26 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  44.2 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  44.2 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  44.2 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  44.2 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  44.2 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1567  ribonuclease HI  44.12 
 
 		 161 aa  114  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  47.3 
 
 		 149 aa  115  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  46.21 
 
 		 148 aa  115  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  42.66 
 
 		 151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  44.06 
 
 		 153 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  45.39 
 
 		 148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  44.93 
 
 		 154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3313  Ribonuclease H  47.45 
 
 		 157 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02761  ribonuclease HI  44.12 
 
 		 161 aa  114  5e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.175549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  48.2 
 
 		 223 aa  114  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2969  Ribonuclease H  45.99 
 
 		 175 aa  114  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113773  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  42.66 
 
 		 148 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  42.66 
 
 		 148 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  44.52 
 
 		 154 aa  113  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  47.48 
 
 		 157 aa  113  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  45.19 
 
 		 257 aa  112  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  41.26 
 
 		 145 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  44.06 
 
 		 154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  44.37 
 
 		 159 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  43.48 
 
 		 151 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  43.17 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  43.07 
 
 		 527 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  44.6 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  46.38 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4263  ribonuclease H  41.89 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000698062  hitchhiker  0.0000000000000553912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  47.48 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  44.76 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  44.76 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  41.61 
 
 		 148 aa  111  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  41.61 
 
 		 148 aa  111  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  44.6 
 
 		 170 aa  111  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>