More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3186 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  100 
 
 		 251 aa  519  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  70.92 
 
 		 251 aa  388  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  70.08 
 
 		 254 aa  347  8e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  60 
 
 		 254 aa  308  5e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  56.65 
 
 		 262 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  57.58 
 
 		 263 aa  292  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  54.15 
 
 		 252 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  41.18 
 
 		 272 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  32.47 
 
 		 236 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  38.85 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  38.85 
 
 		 223 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  37.41 
 
 		 225 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  38.26 
 
 		 148 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  38.26 
 
 		 148 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  38.26 
 
 		 148 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  37.91 
 
 		 148 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  38 
 
 		 150 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  38.26 
 
 		 150 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  26.91 
 
 		 321 aa  90.1  3e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  35.97 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  35.97 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  37.58 
 
 		 153 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  31.84 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  34.01 
 
 		 154 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  37.32 
 
 		 148 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  35.33 
 
 		 154 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  37.32 
 
 		 148 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  37.41 
 
 		 148 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  37.84 
 
 		 155 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  35.33 
 
 		 154 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  32.32 
 
 		 161 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  35.33 
 
 		 154 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  38.51 
 
 		 148 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  36.49 
 
 		 150 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  38.51 
 
 		 148 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  35.62 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  31.58 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  34.44 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  36.91 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  23.21 
 
 		 463 aa  81.3  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  36.03 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  37.09 
 
 		 164 aa  81.6  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  29.44 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  35.85 
 
 		 156 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  34 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  37.67 
 
 		 185 aa  80.1  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  37.59 
 
 		 143 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  36.42 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  28.57 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  37.25 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  34.25 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  34.93 
 
 		 160 aa  77.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  33.33 
 
 		 159 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  34.27 
 
 		 141 aa  77.4  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  33.57 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  35.37 
 
 		 151 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  38.46 
 
 		 145 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  33.33 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  35.71 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  34.01 
 
 		 154 aa  77  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  35.33 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  33.78 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  34.04 
 
 		 154 aa  76.6  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  36.36 
 
 		 162 aa  76.3  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  38.03 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  34.69 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  29.06 
 
 		 216 aa  75.9  0.0000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  35.37 
 
 		 166 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  37.06 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  36.17 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  33.55 
 
 		 155 aa  74.7  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  34.84 
 
 		 155 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  34.84 
 
 		 155 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  36.24 
 
 		 145 aa  75.1  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  34.84 
 
 		 155 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  34.84 
 
 		 155 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  34.84 
 
 		 155 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  36.05 
 
 		 164 aa  75.1  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  35.42 
 
 		 158 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  37.16 
 
 		 149 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  37.5 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  37.16 
 
 		 152 aa  73.9  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  31.76 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  33.33 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  34.25 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  34.25 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  35.92 
 
 		 151 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  35.37 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  38.41 
 
 		 142 aa  73.6  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  36.17 
 
 		 145 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  33.1 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  35.37 
 
 		 149 aa  73.6  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>