More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_09420 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_09420  RNase HI  100 
 
 		 291 aa  586  1e-166  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.226214 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0896  Ribonuclease H  49.3 
 
 		 358 aa  296  2e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.317285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0781  ribonuclease H  51.26 
 
 		 319 aa  295  9e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07860  RNase HI  49.23 
 
 		 336 aa  267  2e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  42.62 
 
 		 191 aa  118  9.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  44.44 
 
 		 238 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  48.89 
 
 		 154 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0246  ribonuclease H  38.78 
 
 		 149 aa  109  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0297  ribonuclease HI  44.08 
 
 		 361 aa  109  5e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  47.37 
 
 		 154 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  43.8 
 
 		 154 aa  108  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  45.65 
 
 		 155 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  44.85 
 
 		 155 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  44.06 
 
 		 150 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  44.6 
 
 		 155 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  44.44 
 
 		 156 aa  106  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  44.2 
 
 		 154 aa  106  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  39.87 
 
 		 153 aa  106  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  42 
 
 		 149 aa  106  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  43.26 
 
 		 155 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  44.2 
 
 		 151 aa  105  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  44.93 
 
 		 161 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  43.48 
 
 		 154 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  42.75 
 
 		 154 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  44.37 
 
 		 153 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  42.75 
 
 		 154 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2077  ribonuclease H  41.1 
 
 		 183 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.498746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  42.14 
 
 		 156 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  42.75 
 
 		 154 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  44.78 
 
 		 154 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  46.85 
 
 		 151 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  44.78 
 
 		 154 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  40.91 
 
 		 156 aa  102  8e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  44.68 
 
 		 154 aa  102  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  41.96 
 
 		 153 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1800  ribonuclease H  39.73 
 
 		 183 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  39.67 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  44.03 
 
 		 155 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  43.41 
 
 		 163 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  44.44 
 
 		 155 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  44.44 
 
 		 155 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  44.44 
 
 		 155 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1879  ribonuclease H  39.73 
 
 		 183 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  44.44 
 
 		 155 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1743  ribonuclease H  40.97 
 
 		 175 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.589548 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  42.14 
 
 		 151 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  44.44 
 
 		 155 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  42.86 
 
 		 157 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8140  ribonuclease H  39.04 
 
 		 242 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  42.14 
 
 		 151 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  44.93 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  44.93 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  41.26 
 
 		 148 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  41.43 
 
 		 175 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  40.45 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  41.4 
 
 		 157 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  44.29 
 
 		 151 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  42.45 
 
 		 159 aa  100  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1751  ribonuclease HI  47.15 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.07 
 
 		 532 aa  100  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  43.38 
 
 		 527 aa  99.8  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  38.41 
 
 		 154 aa  99.8  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02761  ribonuclease HI  41.04 
 
 		 161 aa  99.8  5e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.175549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  41.83 
 
 		 158 aa  99.8  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  41.56 
 
 		 156 aa  99  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  39.74 
 
 		 156 aa  99  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  44.93 
 
 		 257 aa  99.4  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  43.17 
 
 		 150 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1567  ribonuclease HI  41.04 
 
 		 161 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  42.76 
 
 		 149 aa  98.2  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  41.43 
 
 		 185 aa  98.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  43.51 
 
 		 145 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  43.61 
 
 		 146 aa  98.2  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  43.24 
 
 		 154 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  40.88 
 
 		 150 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  40.58 
 
 		 147 aa  97.4  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  43.57 
 
 		 154 aa  97.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  42.96 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  44.14 
 
 		 150 aa  97.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  41.3 
 
 		 173 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  39.46 
 
 		 170 aa  97.1  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  39.86 
 
 		 153 aa  97.1  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  42.14 
 
 		 155 aa  97.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  38.67 
 
 		 153 aa  96.3  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  40.52 
 
 		 156 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  40.52 
 
 		 156 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  40.52 
 
 		 156 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  40.52 
 
 		 156 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  41.43 
 
 		 157 aa  96.3  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  44.12 
 
 		 162 aa  96.3  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  41.04 
 
 		 155 aa  95.9  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  42.36 
 
 		 160 aa  95.9  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  43.51 
 
 		 148 aa  95.9  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>