More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0297 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0297  ribonuclease HI  100 
 
 		 361 aa  749    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1751  ribonuclease HI  50 
 
 		 278 aa  301  1e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  55.94 
 
 		 191 aa  172  9e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09420  RNase HI  44.08 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.226214 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0896  Ribonuclease H  45.77 
 
 		 358 aa  108  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.317285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0781  ribonuclease H  44.06 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07860  RNase HI  44.06 
 
 		 336 aa  106  8e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  42.86 
 
 		 141 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  42.76 
 
 		 148 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  41.29 
 
 		 175 aa  101  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2077  ribonuclease H  38.67 
 
 		 183 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.498746  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  41.78 
 
 		 160 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  38.99 
 
 		 157 aa  100  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0714  ribonuclease H  41.26 
 
 		 148 aa  100  5e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.24481  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1800  ribonuclease H  38.67 
 
 		 183 aa  100  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1879  ribonuclease H  38.67 
 
 		 183 aa  99.8  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  41.45 
 
 		 170 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1101  ribonuclease H  39.38 
 
 		 245 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  38.1 
 
 		 160 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  37.85 
 
 		 166 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  39.07 
 
 		 154 aa  98.2  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  41.1 
 
 		 157 aa  97.8  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  37.09 
 
 		 148 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  41.33 
 
 		 142 aa  96.7  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  43.92 
 
 		 157 aa  96.7  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  37.09 
 
 		 148 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1743  ribonuclease H  40 
 
 		 175 aa  96.7  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.589548 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  39.26 
 
 		 158 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  39.6 
 
 		 155 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  39.6 
 
 		 155 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  39.6 
 
 		 155 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  39.07 
 
 		 155 aa  96.3  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  39.6 
 
 		 155 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  39.6 
 
 		 155 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  41.78 
 
 		 151 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  38.1 
 
 		 185 aa  95.5  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  37.87 
 
 		 158 aa  95.5  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  41.78 
 
 		 151 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  38.36 
 
 		 155 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  41.1 
 
 		 175 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  39.07 
 
 		 223 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  39.04 
 
 		 150 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  40 
 
 		 235 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  38.65 
 
 		 156 aa  95.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  36.55 
 
 		 161 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  39.07 
 
 		 154 aa  95.1  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  38.93 
 
 		 159 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  38.82 
 
 		 150 aa  94.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  40 
 
 		 149 aa  95.1  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  40.4 
 
 		 154 aa  95.1  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  36.84 
 
 		 463 aa  94.4  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  39.74 
 
 		 157 aa  94  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  38.78 
 
 		 146 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  39.31 
 
 		 155 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  39.73 
 
 		 149 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  39.04 
 
 		 161 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  38.27 
 
 		 157 aa  94  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  40 
 
 		 156 aa  93.6  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  39.31 
 
 		 164 aa  93.6  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  39.13 
 
 		 158 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  39.13 
 
 		 158 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  39.07 
 
 		 154 aa  93.2  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  41.1 
 
 		 152 aa  93.2  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  39.88 
 
 		 156 aa  92.8  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  38.36 
 
 		 153 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  39.73 
 
 		 148 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  38.36 
 
 		 156 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  40.52 
 
 		 156 aa  92  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  40.41 
 
 		 154 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  39.19 
 
 		 153 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  40.28 
 
 		 527 aa  91.3  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  39.04 
 
 		 154 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  39.86 
 
 		 162 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  39.73 
 
 		 148 aa  92  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  37.58 
 
 		 154 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  38.46 
 
 		 156 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  38.78 
 
 		 158 aa  90.9  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  36.3 
 
 		 151 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.28 
 
 		 532 aa  90.9  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  40.82 
 
 		 157 aa  91.3  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  39.74 
 
 		 149 aa  90.9  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  38.26 
 
 		 155 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  36.99 
 
 		 155 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  37.89 
 
 		 158 aa  90.1  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  48.57 
 
 		 153 aa  90.1  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  39.75 
 
 		 161 aa  89.7  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  38.04 
 
 		 156 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  38.04 
 
 		 156 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  38.04 
 
 		 156 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  38.62 
 
 		 159 aa  90.1  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  38.04 
 
 		 156 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>