More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0182 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  100 
 
 		 157 aa  318  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  82.17 
 
 		 157 aa  265  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  78.95 
 
 		 157 aa  258  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  250  5.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  77.18 
 
 		 151 aa  246  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  76.51 
 
 		 175 aa  245  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  76.51 
 
 		 151 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  66.44 
 
 		 150 aa  207  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  67.1 
 
 		 154 aa  207  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  68.49 
 
 		 154 aa  203  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  67.11 
 
 		 154 aa  203  8e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  67.79 
 
 		 153 aa  202  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  67.11 
 
 		 154 aa  202  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  67.11 
 
 		 154 aa  202  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  66.01 
 
 		 151 aa  202  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  67.79 
 
 		 151 aa  201  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  66.67 
 
 		 150 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  65.36 
 
 		 151 aa  200  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  66.9 
 
 		 153 aa  199  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  67.12 
 
 		 166 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  69.72 
 
 		 161 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  64.1 
 
 		 153 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  64.47 
 
 		 162 aa  198  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  65.75 
 
 		 151 aa  197  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  64.9 
 
 		 154 aa  197  6e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  67.61 
 
 		 155 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  66.67 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  65.52 
 
 		 150 aa  191  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  66.2 
 
 		 147 aa  191  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  62.5 
 
 		 160 aa  191  5e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  65.49 
 
 		 147 aa  190  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  65.49 
 
 		 147 aa  190  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  64.79 
 
 		 148 aa  189  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  64.79 
 
 		 148 aa  189  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  65.49 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  65.49 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  65.49 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  66.2 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  64.08 
 
 		 148 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  64.83 
 
 		 146 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  62.84 
 
 		 148 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  64.83 
 
 		 152 aa  187  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  64.14 
 
 		 148 aa  187  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  64.14 
 
 		 148 aa  187  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  64.14 
 
 		 148 aa  187  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  64.14 
 
 		 148 aa  187  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  64.14 
 
 		 148 aa  187  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  64.14 
 
 		 148 aa  187  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  65 
 
 		 149 aa  186  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  63.46 
 
 		 153 aa  185  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  60.96 
 
 		 146 aa  185  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  61.11 
 
 		 155 aa  184  5e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  59.73 
 
 		 153 aa  184  5e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  59.46 
 
 		 145 aa  184  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  58.17 
 
 		 148 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  60.54 
 
 		 149 aa  180  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  57.14 
 
 		 147 aa  180  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  56.86 
 
 		 156 aa  180  9.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  60 
 
 		 151 aa  179  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  63.64 
 
 		 148 aa  179  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  58.33 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  57.52 
 
 		 148 aa  179  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  63.12 
 
 		 160 aa  179  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  60.14 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  60.14 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  60.14 
 
 		 147 aa  178  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  60.14 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  58.45 
 
 		 155 aa  178  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  57.64 
 
 		 154 aa  177  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  60 
 
 		 145 aa  177  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  62.5 
 
 		 154 aa  176  9e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  53.85 
 
 		 185 aa  176  9e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  55.13 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  55.13 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  55.13 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  55.13 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  55.13 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  56.64 
 
 		 154 aa  176  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  61.7 
 
 		 163 aa  175  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  61.38 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  61.76 
 
 		 154 aa  174  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  59.03 
 
 		 155 aa  174  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  58.04 
 
 		 158 aa  174  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  54.49 
 
 		 156 aa  174  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  61.43 
 
 		 150 aa  174  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  53.85 
 
 		 161 aa  174  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  56.76 
 
 		 145 aa  173  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  58.04 
 
 		 150 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  58.04 
 
 		 150 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  59.18 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  60.84 
 
 		 146 aa  173  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  56.64 
 
 		 155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>