More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1162 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  100 
 
 		 147 aa  303  7e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  100 
 
 		 147 aa  303  7e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  96.6 
 
 		 147 aa  295  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  96.6 
 
 		 147 aa  295  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  96.6 
 
 		 147 aa  295  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  94.56 
 
 		 147 aa  294  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  94.56 
 
 		 147 aa  289  9e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  89.73 
 
 		 148 aa  278  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  89.73 
 
 		 148 aa  278  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  89.73 
 
 		 148 aa  278  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  89.73 
 
 		 148 aa  278  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  89.73 
 
 		 148 aa  278  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  89.73 
 
 		 148 aa  278  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  88.36 
 
 		 148 aa  276  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  88.36 
 
 		 148 aa  276  8e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  90.85 
 
 		 146 aa  274  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  88.36 
 
 		 148 aa  274  4e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  85.62 
 
 		 148 aa  270  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  71.13 
 
 		 152 aa  219  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  66.43 
 
 		 149 aa  218  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  75 
 
 		 159 aa  218  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  74.64 
 
 		 160 aa  215  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  73.91 
 
 		 151 aa  214  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  71.03 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  71.01 
 
 		 154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  73.57 
 
 		 145 aa  213  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  73.19 
 
 		 148 aa  213  8e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  71.13 
 
 		 148 aa  213  8e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  72.54 
 
 		 145 aa  213  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  73.19 
 
 		 148 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  71.03 
 
 		 148 aa  211  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  71.13 
 
 		 148 aa  211  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  71.03 
 
 		 148 aa  211  2.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  70.63 
 
 		 148 aa  210  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  72.14 
 
 		 161 aa  210  4.9999999999999996e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  65.75 
 
 		 151 aa  207  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  67.83 
 
 		 150 aa  206  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  67.86 
 
 		 154 aa  206  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  71.83 
 
 		 149 aa  206  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  67.36 
 
 		 153 aa  206  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  68.61 
 
 		 166 aa  206  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  68.31 
 
 		 149 aa  206  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  66.43 
 
 		 153 aa  205  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  67.63 
 
 		 150 aa  205  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  66.21 
 
 		 148 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  67.86 
 
 		 163 aa  204  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  67.13 
 
 		 150 aa  204  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  67.38 
 
 		 155 aa  204  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  61.9 
 
 		 153 aa  204  4e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  67.13 
 
 		 150 aa  203  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  67.88 
 
 		 154 aa  203  7e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  69.63 
 
 		 155 aa  203  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  62.07 
 
 		 155 aa  203  8e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  66.43 
 
 		 154 aa  202  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  64.14 
 
 		 148 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  64.14 
 
 		 148 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  67.14 
 
 		 151 aa  201  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  64.14 
 
 		 148 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  67.14 
 
 		 151 aa  201  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  68.89 
 
 		 150 aa  200  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  66.19 
 
 		 160 aa  200  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  68.15 
 
 		 161 aa  200  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  68.31 
 
 		 149 aa  200  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  66.42 
 
 		 151 aa  200  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  61.38 
 
 		 150 aa  199  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  66.42 
 
 		 151 aa  199  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  66.42 
 
 		 146 aa  199  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  65.71 
 
 		 147 aa  199  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  66.43 
 
 		 143 aa  198  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  64.29 
 
 		 147 aa  197  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  64.96 
 
 		 153 aa  198  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  65.49 
 
 		 148 aa  197  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  65.49 
 
 		 148 aa  197  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  65.71 
 
 		 153 aa  197  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  66.42 
 
 		 162 aa  197  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  7.999999999999999e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  64.75 
 
 		 156 aa  196  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  67.67 
 
 		 155 aa  196  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  65.71 
 
 		 143 aa  196  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  66.67 
 
 		 154 aa  196  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  62.59 
 
 		 185 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  66.43 
 
 		 154 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  65.96 
 
 		 154 aa  195  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  66.43 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  66.43 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  63.5 
 
 		 158 aa  192  9e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  61.27 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  61.27 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  61.27 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  64.14 
 
 		 152 aa  192  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  60.99 
 
 		 152 aa  191  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  67.16 
 
 		 143 aa  191  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  63.7 
 
 		 142 aa  191  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>