More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1258 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  100 
 
 		 153 aa  312  9e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  75.69 
 
 		 153 aa  230  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  73.57 
 
 		 161 aa  222  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  73.94 
 
 		 151 aa  221  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  73.38 
 
 		 155 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  71.13 
 
 		 150 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  71.01 
 
 		 154 aa  209  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  72.06 
 
 		 160 aa  208  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  68.49 
 
 		 151 aa  208  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  65.97 
 
 		 150 aa  207  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  67.81 
 
 		 151 aa  207  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  70.29 
 
 		 154 aa  206  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  69.34 
 
 		 153 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  64.67 
 
 		 162 aa  206  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  66.22 
 
 		 154 aa  205  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  64.24 
 
 		 154 aa  204  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  65.54 
 
 		 153 aa  204  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  68.12 
 
 		 151 aa  203  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  67.61 
 
 		 160 aa  202  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  67.11 
 
 		 155 aa  201  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  66.21 
 
 		 151 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  64.24 
 
 		 175 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  62.34 
 
 		 157 aa  198  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  66.9 
 
 		 151 aa  197  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  65.49 
 
 		 154 aa  198  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  67.88 
 
 		 142 aa  198  3e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  64.14 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  66.91 
 
 		 149 aa  194  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  63.46 
 
 		 157 aa  194  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  64.14 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  62.86 
 
 		 154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  62.86 
 
 		 154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  62.18 
 
 		 157 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  62.86 
 
 		 154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  64.71 
 
 		 158 aa  192  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  63.38 
 
 		 149 aa  192  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  63.58 
 
 		 154 aa  191  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  63.57 
 
 		 148 aa  191  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  63.77 
 
 		 147 aa  190  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  62.68 
 
 		 145 aa  190  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  61.59 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  63.57 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  61.76 
 
 		 156 aa  189  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  63.01 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  63.01 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  63.04 
 
 		 155 aa  188  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  63.01 
 
 		 154 aa  189  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  61.38 
 
 		 148 aa  188  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  63.89 
 
 		 150 aa  188  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  62.86 
 
 		 148 aa  188  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  63.04 
 
 		 163 aa  188  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  62.86 
 
 		 148 aa  188  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  65.22 
 
 		 166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  62.68 
 
 		 147 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  62.68 
 
 		 147 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  61.38 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  61.38 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  61.38 
 
 		 146 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  61.38 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  61.38 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  61.38 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  61.38 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  62.14 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  62.86 
 
 		 147 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  63.7 
 
 		 159 aa  186  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  63.04 
 
 		 154 aa  187  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  62.5 
 
 		 156 aa  186  8e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  61.11 
 
 		 145 aa  186  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  62.86 
 
 		 147 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  62.86 
 
 		 147 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  62.86 
 
 		 147 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  57.24 
 
 		 155 aa  186  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  61.76 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  61.76 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  61.76 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  64.34 
 
 		 149 aa  185  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  62.59 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  60.42 
 
 		 150 aa  185  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  62.32 
 
 		 154 aa  185  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  64.34 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  64.34 
 
 		 148 aa  184  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  64.34 
 
 		 148 aa  184  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  58.94 
 
 		 164 aa  184  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  61.87 
 
 		 148 aa  184  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  58.5 
 
 		 147 aa  184  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  61.7 
 
 		 142 aa  184  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  60.81 
 
 		 151 aa  184  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  63.77 
 
 		 185 aa  183  6e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  59.85 
 
 		 161 aa  184  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  62.24 
 
 		 161 aa  183  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  59.56 
 
 		 158 aa  183  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  61.87 
 
 		 151 aa  183  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  61.22 
 
 		 155 aa  183  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  58.82 
 
 		 159 aa  183  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  61.22 
 
 		 155 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  61.22 
 
 		 155 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  61.22 
 
 		 155 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  61.22 
 
 		 155 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  62.32 
 
 		 155 aa  182  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  61.22 
 
 		 155 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>