More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2560 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  100 
 
 		 158 aa  333  5e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  96.2 
 
 		 158 aa  323  5e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  95.57 
 
 		 158 aa  322  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  94.94 
 
 		 158 aa  320  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  90.32 
 
 		 156 aa  306  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  89.68 
 
 		 156 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  89.68 
 
 		 156 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  89.68 
 
 		 156 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  89.68 
 
 		 156 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  80.65 
 
 		 156 aa  275  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  80.65 
 
 		 161 aa  272  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  78.98 
 
 		 157 aa  271  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  77.07 
 
 		 185 aa  267  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  77.07 
 
 		 158 aa  267  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  78.85 
 
 		 156 aa  267  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  78.06 
 
 		 159 aa  266  8.999999999999999e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  70.97 
 
 		 155 aa  240  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  70.97 
 
 		 155 aa  240  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  70.97 
 
 		 155 aa  240  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  70.97 
 
 		 155 aa  240  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  70.97 
 
 		 155 aa  240  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  69.33 
 
 		 156 aa  235  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  69.48 
 
 		 155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  69.54 
 
 		 157 aa  229  9e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  67.53 
 
 		 155 aa  229  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  67.74 
 
 		 155 aa  229  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  67.97 
 
 		 154 aa  228  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  67.32 
 
 		 156 aa  228  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  67.11 
 
 		 154 aa  228  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  67.55 
 
 		 154 aa  227  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  67.32 
 
 		 173 aa  227  5e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  65.58 
 
 		 154 aa  225  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  67.32 
 
 		 154 aa  224  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  66.01 
 
 		 154 aa  222  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  66.01 
 
 		 154 aa  222  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  66.01 
 
 		 154 aa  222  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  63.64 
 
 		 154 aa  219  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  65.58 
 
 		 154 aa  207  6e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  60.13 
 
 		 153 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  59.6 
 
 		 153 aa  197  3e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  65.67 
 
 		 148 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  58.99 
 
 		 151 aa  191  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  60 
 
 		 154 aa  191  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  59.86 
 
 		 148 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  63.5 
 
 		 154 aa  190  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  59.86 
 
 		 148 aa  190  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  59.86 
 
 		 148 aa  190  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  59.86 
 
 		 148 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  59.86 
 
 		 148 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  59.86 
 
 		 148 aa  190  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  59.15 
 
 		 148 aa  189  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  59.15 
 
 		 146 aa  189  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  59.86 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  61.15 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  61.15 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  61.15 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  61.15 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  59.29 
 
 		 149 aa  189  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  63.16 
 
 		 147 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  61.15 
 
 		 147 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  61.15 
 
 		 147 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  59.71 
 
 		 162 aa  186  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  61.19 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  61.19 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  60.43 
 
 		 151 aa  185  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  58.57 
 
 		 153 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  54.9 
 
 		 156 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  60 
 
 		 150 aa  182  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  54.3 
 
 		 156 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  56.34 
 
 		 150 aa  181  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  59.15 
 
 		 155 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  57.24 
 
 		 159 aa  180  7e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  60.45 
 
 		 161 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  59.26 
 
 		 163 aa  180  8.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  59.42 
 
 		 164 aa  179  9.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  61.03 
 
 		 154 aa  179  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  56.03 
 
 		 154 aa  179  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  57.04 
 
 		 150 aa  179  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  56.03 
 
 		 154 aa  179  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  58.16 
 
 		 153 aa  179  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  55.22 
 
 		 160 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  58.39 
 
 		 150 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  57.43 
 
 		 149 aa  178  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  54.14 
 
 		 170 aa  178  2.9999999999999997e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  55.32 
 
 		 154 aa  176  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  57.97 
 
 		 142 aa  176  9e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  55.71 
 
 		 151 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1297  ribonuclease H  55.78 
 
 		 150 aa  176  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  55.94 
 
 		 146 aa  176  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  54.78 
 
 		 161 aa  175  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  55.71 
 
 		 151 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  52.94 
 
 		 155 aa  174  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>