More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2382 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  100 
 
 		 158 aa  329  1e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  70.32 
 
 		 158 aa  234  4e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  67.74 
 
 		 170 aa  229  2e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  65.58 
 
 		 161 aa  218  3e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  56.05 
 
 		 163 aa  170  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  56.05 
 
 		 163 aa  170  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  54.9 
 
 		 159 aa  167  6e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  58.62 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  58.62 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  55.26 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  55.26 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  55.26 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  58.62 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  58.62 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  58.62 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  53.59 
 
 		 154 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  54.61 
 
 		 154 aa  166  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  55.48 
 
 		 155 aa  165  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  53.29 
 
 		 241 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  56.58 
 
 		 155 aa  163  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  53.29 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  52.7 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  161  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  53.06 
 
 		 159 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  54.61 
 
 		 154 aa  160  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  57.14 
 
 		 152 aa  160  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  51.3 
 
 		 185 aa  160  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  57.53 
 
 		 150 aa  159  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  50.33 
 
 		 161 aa  158  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  53.95 
 
 		 154 aa  158  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  56.25 
 
 		 143 aa  157  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  53.69 
 
 		 159 aa  157  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  53.42 
 
 		 149 aa  157  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  53.29 
 
 		 153 aa  157  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  53.79 
 
 		 155 aa  157  7e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  52.08 
 
 		 158 aa  157  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  55.86 
 
 		 155 aa  157  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  53.06 
 
 		 147 aa  157  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  54.11 
 
 		 158 aa  156  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  53.74 
 
 		 156 aa  157  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  50.98 
 
 		 173 aa  156  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  50.66 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  49.67 
 
 		 156 aa  155  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  52.74 
 
 		 156 aa  154  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  56.55 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  53.74 
 
 		 163 aa  154  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  52.05 
 
 		 164 aa  154  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  55.71 
 
 		 147 aa  154  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  51.97 
 
 		 156 aa  153  8e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  56.2 
 
 		 157 aa  153  8e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  53.42 
 
 		 158 aa  153  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  52.74 
 
 		 158 aa  152  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  54.17 
 
 		 150 aa  153  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  53.57 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  57.45 
 
 		 154 aa  153  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  50.98 
 
 		 157 aa  152  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  53.42 
 
 		 158 aa  153  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  51.37 
 
 		 156 aa  153  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  53.57 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  54.48 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.43 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.43 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  55 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.43 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  56.43 
 
 		 146 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.43 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.43 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  55 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  54.48 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.43 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  52.82 
 
 		 145 aa  152  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  52.38 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  55 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  54.48 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  51.7 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  55 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  52.45 
 
 		 163 aa  152  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  56.43 
 
 		 153 aa  152  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  53.79 
 
 		 147 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  51.37 
 
 		 157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  53.42 
 
 		 150 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  53.79 
 
 		 147 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  55.71 
 
 		 148 aa  150  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  52.6 
 
 		 151 aa  150  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  52.38 
 
 		 147 aa  150  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  55.71 
 
 		 161 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  55.71 
 
 		 150 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>