More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002772 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  100 
 
 		 154 aa  323  7e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  94.81 
 
 		 154 aa  310  5.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  88.24 
 
 		 156 aa  291  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  79.47 
 
 		 157 aa  260  6e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  76.32 
 
 		 155 aa  254  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  76.32 
 
 		 155 aa  254  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  76.32 
 
 		 155 aa  254  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  76.32 
 
 		 155 aa  254  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  76.32 
 
 		 155 aa  254  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  76.97 
 
 		 155 aa  254  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  75.82 
 
 		 155 aa  253  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  76.32 
 
 		 155 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  75.82 
 
 		 154 aa  251  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  74.51 
 
 		 154 aa  250  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  74.51 
 
 		 154 aa  250  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  74.51 
 
 		 154 aa  250  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  73.86 
 
 		 155 aa  250  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  75.16 
 
 		 154 aa  249  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  75 
 
 		 154 aa  244  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  75.66 
 
 		 154 aa  242  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  67.1 
 
 		 161 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  70.86 
 
 		 173 aa  231  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  68.67 
 
 		 185 aa  229  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  67.55 
 
 		 158 aa  227  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  68.87 
 
 		 158 aa  227  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  67.76 
 
 		 158 aa  227  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  67.76 
 
 		 156 aa  226  8e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  65.79 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  65.79 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  65.79 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  65.79 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  65.79 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  66.89 
 
 		 158 aa  223  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  66.89 
 
 		 158 aa  223  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  64.9 
 
 		 156 aa  221  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  64.05 
 
 		 159 aa  219  7e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  68 
 
 		 156 aa  219  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  63.4 
 
 		 154 aa  217  5e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  62.5 
 
 		 157 aa  216  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  60.53 
 
 		 153 aa  208  2e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  67.14 
 
 		 153 aa  206  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  62.91 
 
 		 153 aa  206  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  64.9 
 
 		 154 aa  205  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  68.89 
 
 		 151 aa  204  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  69.29 
 
 		 151 aa  203  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  68.57 
 
 		 151 aa  202  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  67.41 
 
 		 154 aa  201  3e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  63.27 
 
 		 147 aa  201  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  64.03 
 
 		 150 aa  201  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  66.42 
 
 		 153 aa  197  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  67.16 
 
 		 154 aa  195  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  63.04 
 
 		 162 aa  194  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  61.59 
 
 		 151 aa  194  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  66.42 
 
 		 161 aa  193  6e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  64.23 
 
 		 147 aa  193  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  65.44 
 
 		 155 aa  192  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  65.47 
 
 		 150 aa  192  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  65.67 
 
 		 150 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  63.04 
 
 		 164 aa  191  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  63.91 
 
 		 149 aa  190  8e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  63.64 
 
 		 145 aa  189  9e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  62.86 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  62.14 
 
 		 154 aa  188  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  62.14 
 
 		 154 aa  188  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  61.76 
 
 		 163 aa  187  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  60.74 
 
 		 153 aa  187  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  187  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  62.32 
 
 		 154 aa  186  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  59.86 
 
 		 148 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  59.03 
 
 		 147 aa  186  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  61.87 
 
 		 148 aa  186  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  59.86 
 
 		 148 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  59.86 
 
 		 148 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  63.16 
 
 		 148 aa  186  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  61.87 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  61.87 
 
 		 146 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  61.87 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  61.87 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  61.87 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  61.87 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  61.87 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  60.56 
 
 		 150 aa  184  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  60.56 
 
 		 150 aa  184  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  60.99 
 
 		 150 aa  184  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  58.55 
 
 		 156 aa  184  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  59.86 
 
 		 148 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  58.45 
 
 		 147 aa  184  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  58.45 
 
 		 147 aa  184  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  58.45 
 
 		 147 aa  184  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  58.45 
 
 		 147 aa  183  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  58.45 
 
 		 147 aa  183  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  60.58 
 
 		 160 aa  183  9e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  58.67 
 
 		 153 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>