More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_07860 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_07860  RNase HI  100 
 
 		 336 aa  674    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09420  RNase HI  49.85 
 
 		 291 aa  291  1e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.226214 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0896  Ribonuclease H  51.81 
 
 		 358 aa  288  6e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.317285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0781  ribonuclease H  52.87 
 
 		 319 aa  285  9e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  43.72 
 
 		 191 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8140  ribonuclease H  43.45 
 
 		 242 aa  112  8.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  44.85 
 
 		 154 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  43.66 
 
 		 238 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  44.3 
 
 		 156 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  44.85 
 
 		 154 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2077  ribonuclease H  38.8 
 
 		 183 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.498746  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1879  ribonuclease H  37.7 
 
 		 183 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0297  ribonuclease HI  43.14 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  43.88 
 
 		 155 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1800  ribonuclease H  38.25 
 
 		 183 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  42.96 
 
 		 154 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  43.8 
 
 		 149 aa  108  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0246  ribonuclease H  36.91 
 
 		 149 aa  107  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  45.93 
 
 		 154 aa  106  6e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  46.32 
 
 		 146 aa  106  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  42.86 
 
 		 247 aa  105  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1751  ribonuclease HI  48.28 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  43.57 
 
 		 155 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  41.01 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  41.5 
 
 		 153 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  41.61 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02761  ribonuclease HI  43.24 
 
 		 161 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.175549  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4135  ribonuclease H  39.42 
 
 		 176 aa  103  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.204286  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  41.61 
 
 		 163 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  41.89 
 
 		 157 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  40.82 
 
 		 156 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  40.82 
 
 		 185 aa  103  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  41.18 
 
 		 149 aa  102  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  41.1 
 
 		 156 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1567  ribonuclease HI  43.24 
 
 		 161 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  44.53 
 
 		 225 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  43.7 
 
 		 151 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  42.66 
 
 		 150 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  44.09 
 
 		 145 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1101  ribonuclease H  42.55 
 
 		 245 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  42.34 
 
 		 175 aa  101  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  40.29 
 
 		 159 aa  100  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  41.33 
 
 		 175 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  40.97 
 
 		 147 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3313  Ribonuclease H  40.41 
 
 		 157 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  40.97 
 
 		 147 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  37.24 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  37.24 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  38.3 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  38.3 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  38.3 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  42.36 
 
 		 228 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  41.38 
 
 		 161 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.73 
 
 		 532 aa  100  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  39.66 
 
 		 223 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  42.36 
 
 		 228 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  44.22 
 
 		 257 aa  100  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  39.73 
 
 		 527 aa  99.8  6e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  40.41 
 
 		 153 aa  99.8  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  36.94 
 
 		 161 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  41.38 
 
 		 150 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  40.13 
 
 		 156 aa  99.8  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  42.86 
 
 		 156 aa  99.4  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  40.54 
 
 		 155 aa  99.4  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  40.29 
 
 		 155 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  40.29 
 
 		 155 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  39.29 
 
 		 155 aa  99.4  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  40.29 
 
 		 155 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  40.29 
 
 		 155 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  40.29 
 
 		 155 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  40.67 
 
 		 151 aa  99  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  40.67 
 
 		 151 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  39.58 
 
 		 147 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  37.41 
 
 		 154 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  39.58 
 
 		 147 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  40.54 
 
 		 162 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  41.13 
 
 		 158 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  41.13 
 
 		 158 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  39.86 
 
 		 147 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  39.86 
 
 		 147 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  39.58 
 
 		 147 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  38.82 
 
 		 158 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  38.85 
 
 		 157 aa  97.8  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2066  ribonuclease H  38.51 
 
 		 149 aa  98.2  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  39.43 
 
 		 252 aa  98.2  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1743  ribonuclease H  37.13 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.589548 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  41.67 
 
 		 156 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  41.5 
 
 		 151 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  36.88 
 
 		 154 aa  98.2  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  40.43 
 
 		 158 aa  97.4  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  44.7 
 
 		 170 aa  97.4  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  43.8 
 
 		 154 aa  97.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>