More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0936 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  100 
 
 		 228 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  99.56 
 
 		 228 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  89.33 
 
 		 225 aa  389  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  70.7 
 
 		 223 aa  291  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  68.02 
 
 		 223 aa  279  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  63.64 
 
 		 220 aa  266  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  75.35 
 
 		 143 aa  229  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  54.3 
 
 		 154 aa  168  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  53.42 
 
 		 161 aa  164  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  57.66 
 
 		 527 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  55.56 
 
 		 148 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.6 
 
 		 532 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  54.86 
 
 		 148 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  56.03 
 
 		 160 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  52.11 
 
 		 154 aa  158  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  52.82 
 
 		 154 aa  158  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  52.08 
 
 		 148 aa  157  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  53.02 
 
 		 153 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  53.47 
 
 		 149 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  56.83 
 
 		 146 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  54.61 
 
 		 149 aa  155  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  53.96 
 
 		 151 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  57.34 
 
 		 149 aa  155  6e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  55.4 
 
 		 148 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  52.45 
 
 		 149 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.12 
 
 		 148 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.12 
 
 		 148 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.12 
 
 		 148 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.12 
 
 		 148 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.12 
 
 		 148 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.12 
 
 		 148 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  55.15 
 
 		 145 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  54.74 
 
 		 153 aa  153  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  52.86 
 
 		 147 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  52.45 
 
 		 159 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  56.72 
 
 		 148 aa  151  8.999999999999999e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  53.62 
 
 		 150 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  53.62 
 
 		 150 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  52.48 
 
 		 155 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  54.48 
 
 		 152 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  51.05 
 
 		 161 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  54.17 
 
 		 150 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  47.4 
 
 		 166 aa  148  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1455  Ribonuclease H  52.63 
 
 		 159 aa  148  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  53.73 
 
 		 148 aa  148  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  51.8 
 
 		 155 aa  147  9e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  52.52 
 
 		 142 aa  147  9e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  53.73 
 
 		 148 aa  147  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  53.73 
 
 		 154 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  52.99 
 
 		 153 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  54.48 
 
 		 145 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  45.76 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  54.48 
 
 		 154 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  52.59 
 
 		 150 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  51.82 
 
 		 151 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  52.74 
 
 		 151 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  51.47 
 
 		 160 aa  146  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  52.99 
 
 		 147 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  53.73 
 
 		 147 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  52.99 
 
 		 148 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  52.99 
 
 		 148 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  52.99 
 
 		 147 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  52.99 
 
 		 147 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  52.9 
 
 		 155 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  51.82 
 
 		 148 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  56.39 
 
 		 146 aa  145  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  53.73 
 
 		 147 aa  145  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1362  ribonuclease H  54.41 
 
 		 150 aa  145  5e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  52.99 
 
 		 148 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  52.99 
 
 		 151 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  52.82 
 
 		 154 aa  144  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  52.82 
 
 		 154 aa  144  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  51.03 
 
 		 152 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1297  ribonuclease H  54.62 
 
 		 150 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  53.74 
 
 		 153 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  49.31 
 
 		 150 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  50.35 
 
 		 155 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  52.82 
 
 		 154 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  51.82 
 
 		 148 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  48.43 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  51.82 
 
 		 148 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  50.69 
 
 		 153 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  52.24 
 
 		 147 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  52.24 
 
 		 147 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  50 
 
 		 157 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  53.57 
 
 		 157 aa  142  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  50.35 
 
 		 154 aa  142  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  51.45 
 
 		 148 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  51.39 
 
 		 149 aa  142  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  53.44 
 
 		 147 aa  142  6e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  51.82 
 
 		 162 aa  141  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  51.06 
 
 		 185 aa  141  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  50.72 
 
 		 148 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  50.72 
 
 		 148 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  50.72 
 
 		 148 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  53.57 
 
 		 155 aa  140  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  50.35 
 
 		 141 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  49.64 
 
 		 158 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  49.25 
 
 		 170 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  50.67 
 
 		 156 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>