More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1662 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  100 
 
 
185 aa  370  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  69.33 
 
 
154 aa  218  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  69.33 
 
 
154 aa  218  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  68.67 
 
 
154 aa  216  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  67.33 
 
 
154 aa  211  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  67.59 
 
 
151 aa  205  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  67.11 
 
 
148 aa  204  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  66.44 
 
 
148 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  66.44 
 
 
148 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  66.44 
 
 
148 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  66.44 
 
 
148 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  66.44 
 
 
148 aa  201  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  66.44 
 
 
148 aa  201  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  68.06 
 
 
146 aa  200  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  68.79 
 
 
160 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  68.12 
 
 
152 aa  194  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  65.03 
 
 
147 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  65.03 
 
 
147 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  65.03 
 
 
147 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  63.09 
 
 
153 aa  193  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  63.64 
 
 
148 aa  193  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  63.64 
 
 
148 aa  193  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  65.28 
 
 
170 aa  192  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  65.03 
 
 
147 aa  192  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  61.49 
 
 
155 aa  192  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  63.64 
 
 
148 aa  192  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  65.73 
 
 
147 aa  191  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  63.89 
 
 
154 aa  191  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  63.27 
 
 
147 aa  189  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  65.97 
 
 
155 aa  189  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  63.27 
 
 
147 aa  189  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  62.82 
 
 
164 aa  189  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  63.31 
 
 
142 aa  188  4e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  60.84 
 
 
151 aa  188  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  65.49 
 
 
149 aa  186  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  62.86 
 
 
160 aa  185  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  63.77 
 
 
154 aa  184  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  63.09 
 
 
149 aa  183  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  61.38 
 
 
158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  64.58 
 
 
149 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  60.81 
 
 
159 aa  181  6e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  62.32 
 
 
145 aa  181  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  61.59 
 
 
151 aa  181  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  58 
 
 
155 aa  181  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  63.19 
 
 
148 aa  181  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  64.49 
 
 
151 aa  180  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  58.06 
 
 
175 aa  180  1e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  65 
 
 
148 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  63.77 
 
 
151 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  64.29 
 
 
161 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  61.43 
 
 
149 aa  180  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  61.27 
 
 
153 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  63.89 
 
 
159 aa  180  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  58.96 
 
 
159 aa  180  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  65 
 
 
148 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  61.59 
 
 
150 aa  180  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  62.5 
 
 
146 aa  179  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  62.5 
 
 
148 aa  179  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  60.42 
 
 
148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  59.18 
 
 
151 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  62.41 
 
 
166 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  63.77 
 
 
153 aa  178  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  56.69 
 
 
162 aa  178  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  65.22 
 
 
141 aa  177  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  62.5 
 
 
148 aa  177  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  62.94 
 
 
154 aa  177  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  61.81 
 
 
150 aa  177  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  61.43 
 
 
148 aa  177  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  64.49 
 
 
150 aa  177  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  63.5 
 
 
163 aa  177  9e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  60.14 
 
 
142 aa  176  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  59.72 
 
 
148 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  61.22 
 
 
153 aa  177  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  62.07 
 
 
150 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  56.85 
 
 
154 aa  176  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  60.42 
 
 
161 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  61.54 
 
 
154 aa  176  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  59.56 
 
 
185 aa  176  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  62.86 
 
 
147 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  60.96 
 
 
150 aa  175  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  60.87 
 
 
145 aa  175  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  60.99 
 
 
153 aa  175  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  62.14 
 
 
151 aa  175  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  62.86 
 
 
155 aa  175  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  60.96 
 
 
148 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  60.96 
 
 
150 aa  175  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  63.57 
 
 
155 aa  175  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  59.7 
 
 
161 aa  174  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  61.27 
 
 
149 aa  174  5e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  62.33 
 
 
152 aa  174  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  56.08 
 
 
150 aa  174  9e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  60.84 
 
 
153 aa  174  9e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  56.74 
 
 
148 aa  173  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  61.43 
 
 
157 aa  173  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  57.72 
 
 
156 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  58.9 
 
 
148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  61.59 
 
 
154 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  58.22 
 
 
156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  61.59 
 
 
154 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  58.21 
 
 
158 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>