More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0483 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  100 
 
 		 143 aa  295  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  75.35 
 
 		 228 aa  228  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  75.35 
 
 		 228 aa  228  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  73.24 
 
 		 225 aa  222  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  70.42 
 
 		 223 aa  214  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  70.92 
 
 		 220 aa  210  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  69.01 
 
 		 223 aa  209  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  56.25 
 
 		 149 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  55.24 
 
 		 161 aa  157  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  55.88 
 
 		 148 aa  154  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  52.82 
 
 		 154 aa  154  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  56.03 
 
 		 147 aa  154  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  55.15 
 
 		 145 aa  154  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  55.56 
 
 		 148 aa  153  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  55.24 
 
 		 159 aa  153  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1455  Ribonuclease H  50.7 
 
 		 159 aa  153  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  54.74 
 
 		 153 aa  152  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  54.86 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  53.85 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  53.85 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  57.45 
 
 		 160 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  56.74 
 
 		 149 aa  150  5e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  53.52 
 
 		 154 aa  150  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  52.82 
 
 		 154 aa  149  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  54.29 
 
 		 150 aa  148  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  52.78 
 
 		 148 aa  147  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  54.41 
 
 		 152 aa  147  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  55.32 
 
 		 151 aa  147  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  55.88 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  55.88 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  55.71 
 
 		 150 aa  147  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  55.88 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  54.29 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  55.88 
 
 		 146 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  55.88 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  55.88 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  55.88 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  52.55 
 
 		 153 aa  146  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  55.71 
 
 		 150 aa  146  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  53.68 
 
 		 148 aa  146  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  53.68 
 
 		 148 aa  146  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  51.41 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  53.68 
 
 		 151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  55.88 
 
 		 527 aa  145  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  55.15 
 
 		 148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.15 
 
 		 532 aa  146  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  54.41 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  53.28 
 
 		 152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  52.08 
 
 		 149 aa  144  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  54.41 
 
 		 147 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  52.94 
 
 		 148 aa  142  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  52.94 
 
 		 148 aa  142  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  52.55 
 
 		 162 aa  142  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  53.68 
 
 		 147 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  53.68 
 
 		 154 aa  141  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  51.39 
 
 		 155 aa  141  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  51.77 
 
 		 157 aa  141  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  53.15 
 
 		 149 aa  140  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  55 
 
 		 146 aa  140  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  51.41 
 
 		 150 aa  140  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  52.86 
 
 		 148 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  52.14 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  52.14 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  53.24 
 
 		 235 aa  139  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  50.74 
 
 		 160 aa  139  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  52.14 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  51.82 
 
 		 154 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  52.21 
 
 		 147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  52.94 
 
 		 147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  52.21 
 
 		 154 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  52.21 
 
 		 147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  51.77 
 
 		 149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  52.94 
 
 		 147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  52.21 
 
 		 147 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  50.74 
 
 		 163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  51.47 
 
 		 151 aa  137  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  50.74 
 
 		 148 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  52.14 
 
 		 153 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  50 
 
 		 155 aa  136  7.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  50.35 
 
 		 145 aa  136  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  50 
 
 		 166 aa  136  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  50.35 
 
 		 150 aa  136  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  53.38 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  50.36 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  50.36 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  51.77 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  49.29 
 
 		 170 aa  135  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  50.38 
 
 		 147 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  51.08 
 
 		 161 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  48.91 
 
 		 154 aa  134  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  51.77 
 
 		 153 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  47.89 
 
 		 153 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  49.64 
 
 		 155 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  50.74 
 
 		 150 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  48.89 
 
 		 147 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  48.57 
 
 		 157 aa  133  7.000000000000001e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  49.3 
 
 		 154 aa  133  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  50.74 
 
 		 153 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  48.92 
 
 		 142 aa  133  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  48.23 
 
 		 155 aa  132  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>