More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2340 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  100 
 
 
149 aa  301  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  83.11 
 
 
149 aa  252  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  79.05 
 
 
155 aa  247  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  78.38 
 
 
148 aa  246  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  79.05 
 
 
148 aa  246  7e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  78.38 
 
 
148 aa  244  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  75.68 
 
 
161 aa  240  3.9999999999999997e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  77.93 
 
 
159 aa  236  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  73.97 
 
 
149 aa  234  4e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  70.63 
 
 
148 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  69.18 
 
 
160 aa  210  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  70.63 
 
 
146 aa  210  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  69.93 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  69.93 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  69.93 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  69.93 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  69.93 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  69.93 
 
 
148 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  69.01 
 
 
145 aa  204  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  68.03 
 
 
151 aa  205  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  69.01 
 
 
147 aa  204  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  69.01 
 
 
147 aa  204  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  69.01 
 
 
147 aa  204  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  69.78 
 
 
148 aa  203  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  69.78 
 
 
148 aa  203  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  67.59 
 
 
148 aa  203  8e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  67.59 
 
 
148 aa  202  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  67.61 
 
 
147 aa  201  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  69.01 
 
 
145 aa  202  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  68.31 
 
 
147 aa  200  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  68.31 
 
 
147 aa  200  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  68.79 
 
 
147 aa  199  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  68.28 
 
 
170 aa  199  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  66.91 
 
 
148 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  66.21 
 
 
151 aa  197  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  68.57 
 
 
175 aa  197  3.9999999999999996e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  63.19 
 
 
160 aa  197  3.9999999999999996e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  61.7 
 
 
149 aa  192  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  64.34 
 
 
150 aa  189  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  62.33 
 
 
150 aa  188  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  62.33 
 
 
150 aa  188  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  65 
 
 
148 aa  188  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  65 
 
 
148 aa  188  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  62.76 
 
 
154 aa  187  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  66.19 
 
 
153 aa  187  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  62.24 
 
 
152 aa  186  7e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  61.22 
 
 
145 aa  186  9e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  65 
 
 
157 aa  186  1e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  65 
 
 
147 aa  185  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  60.54 
 
 
153 aa  184  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  61.81 
 
 
154 aa  184  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  62.5 
 
 
152 aa  184  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  61.11 
 
 
154 aa  183  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  63.01 
 
 
154 aa  183  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  63.19 
 
 
150 aa  183  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  61.27 
 
 
162 aa  182  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  64.75 
 
 
142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  58.78 
 
 
154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  58.78 
 
 
154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  64.96 
 
 
141 aa  182  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  63.09 
 
 
185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  59.86 
 
 
148 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  64.75 
 
 
161 aa  181  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  60.42 
 
 
153 aa  181  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  64.03 
 
 
155 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  62.07 
 
 
154 aa  180  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  61.81 
 
 
164 aa  179  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  59.73 
 
 
149 aa  179  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  60.28 
 
 
142 aa  179  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  59.44 
 
 
148 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  59.44 
 
 
148 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  63.19 
 
 
148 aa  179  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  59.44 
 
 
148 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  62.24 
 
 
155 aa  179  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  61.87 
 
 
153 aa  178  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  59.44 
 
 
147 aa  177  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  61.97 
 
 
166 aa  177  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  60.99 
 
 
163 aa  177  5.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  56.64 
 
 
155 aa  176  7e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  60.84 
 
 
151 aa  176  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  59.44 
 
 
156 aa  176  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  59.73 
 
 
151 aa  176  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  60.14 
 
 
154 aa  175  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  60.56 
 
 
143 aa  175  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  60.14 
 
 
154 aa  175  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  58.45 
 
 
151 aa  174  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  63.7 
 
 
159 aa  175  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  60.14 
 
 
151 aa  175  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  60.56 
 
 
143 aa  174  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  59.15 
 
 
148 aa  174  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  60.14 
 
 
153 aa  174  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  58.16 
 
 
146 aa  174  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  57.34 
 
 
158 aa  173  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  60.14 
 
 
154 aa  173  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  57.64 
 
 
150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  60.14 
 
 
154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  60.87 
 
 
161 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  61.81 
 
 
146 aa  170  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0304  ribonuclease H  57.86 
 
 
145 aa  169  9e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0206259  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  58.04 
 
 
185 aa  169  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>