More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0905 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  100 
 
 		 175 aa  358  2e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  74.67 
 
 		 170 aa  236  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  69.54 
 
 		 157 aa  218  3e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  65.52 
 
 		 148 aa  207  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  65.52 
 
 		 148 aa  207  8e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  65.07 
 
 		 151 aa  206  9e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  65.49 
 
 		 145 aa  204  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  64.08 
 
 		 160 aa  203  9e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  69.29 
 
 		 141 aa  201  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  64.08 
 
 		 142 aa  200  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  67.86 
 
 		 148 aa  200  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  68.57 
 
 		 149 aa  197  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  64.03 
 
 		 155 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  67.86 
 
 		 149 aa  195  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  63.97 
 
 		 160 aa  194  5.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  62.68 
 
 		 145 aa  194  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  63.64 
 
 		 148 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  63.64 
 
 		 148 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  63.64 
 
 		 148 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  62.33 
 
 		 154 aa  193  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  65.49 
 
 		 148 aa  193  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  62.94 
 
 		 148 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  65.71 
 
 		 148 aa  192  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  65.71 
 
 		 155 aa  191  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  64.75 
 
 		 148 aa  191  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  64.75 
 
 		 147 aa  190  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  63.31 
 
 		 147 aa  190  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  63.31 
 
 		 147 aa  190  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  63.31 
 
 		 147 aa  190  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  64.75 
 
 		 148 aa  190  9e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  64.75 
 
 		 148 aa  190  9e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  64.75 
 
 		 148 aa  190  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  64.75 
 
 		 148 aa  190  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  66.43 
 
 		 159 aa  190  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  64.75 
 
 		 148 aa  190  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  64.75 
 
 		 148 aa  190  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  63.57 
 
 		 161 aa  189  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  64.75 
 
 		 146 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  60.54 
 
 		 153 aa  189  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  62.94 
 
 		 149 aa  190  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  59.86 
 
 		 148 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  59.86 
 
 		 148 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  59.18 
 
 		 152 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  60.28 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  61.27 
 
 		 148 aa  188  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  59.46 
 
 		 150 aa  187  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  66.42 
 
 		 147 aa  187  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  63.31 
 
 		 147 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  63.31 
 
 		 147 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  63.77 
 
 		 147 aa  186  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  59.09 
 
 		 166 aa  186  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  59.46 
 
 		 153 aa  186  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  61.7 
 
 		 153 aa  186  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  61.31 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  61.31 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  61.31 
 
 		 148 aa  185  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  62.77 
 
 		 151 aa  184  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  62.41 
 
 		 151 aa  184  6e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  59.18 
 
 		 150 aa  184  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  61.7 
 
 		 154 aa  183  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  61.27 
 
 		 150 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  60.99 
 
 		 154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  60.27 
 
 		 164 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  59.15 
 
 		 152 aa  182  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  60.58 
 
 		 162 aa  181  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  62.69 
 
 		 146 aa  181  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  60.99 
 
 		 151 aa  179  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  60.28 
 
 		 151 aa  179  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  57.82 
 
 		 154 aa  179  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  58.74 
 
 		 155 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  57.82 
 
 		 154 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  57.53 
 
 		 149 aa  178  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  55.24 
 
 		 148 aa  176  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  61.31 
 
 		 161 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  60.87 
 
 		 150 aa  176  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  56.03 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  59.12 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  59.57 
 
 		 154 aa  176  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  59.42 
 
 		 143 aa  176  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  52.15 
 
 		 235 aa  175  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  63.04 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  59.42 
 
 		 143 aa  175  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  58.7 
 
 		 153 aa  174  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  61.31 
 
 		 150 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  60.45 
 
 		 143 aa  174  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  61.15 
 
 		 150 aa  174  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  56.85 
 
 		 146 aa  174  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  55.56 
 
 		 155 aa  174  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  58.39 
 
 		 153 aa  174  8e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  55.78 
 
 		 154 aa  173  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  60.56 
 
 		 175 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  57.34 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  57.34 
 
 		 155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  53.79 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  53.79 
 
 		 154 aa  171  5e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  56.52 
 
 		 163 aa  171  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  56.03 
 
 		 156 aa  171  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  60.43 
 
 		 151 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  60.43 
 
 		 151 aa  170  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  58.7 
 
 		 145 aa  169  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>