More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2365 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  100 
 
 		 153 aa  320  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  79.61 
 
 		 156 aa  254  4e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  66.67 
 
 		 173 aa  223  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  66.45 
 
 		 154 aa  219  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  65.79 
 
 		 154 aa  217  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  68.79 
 
 		 155 aa  216  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  63.4 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  63.4 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  63.4 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  63.4 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  63.4 
 
 		 155 aa  214  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  63.82 
 
 		 155 aa  214  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  63.16 
 
 		 155 aa  212  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  63.82 
 
 		 154 aa  212  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  63.16 
 
 		 156 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  63.16 
 
 		 154 aa  210  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  64.24 
 
 		 159 aa  209  7.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  62 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  62 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  62 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  62.5 
 
 		 154 aa  207  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  63.4 
 
 		 156 aa  207  4e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  62.91 
 
 		 155 aa  207  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  61.44 
 
 		 156 aa  205  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  63.16 
 
 		 156 aa  205  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  63.16 
 
 		 156 aa  205  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  63.16 
 
 		 156 aa  205  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  63.16 
 
 		 156 aa  205  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  62.5 
 
 		 158 aa  205  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  62.91 
 
 		 154 aa  206  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  61.84 
 
 		 161 aa  205  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  62.25 
 
 		 156 aa  201  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  61.44 
 
 		 158 aa  202  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  61.44 
 
 		 158 aa  202  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  61.59 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  64.93 
 
 		 153 aa  201  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  64.14 
 
 		 150 aa  199  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  59.48 
 
 		 158 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  60.13 
 
 		 158 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  67.41 
 
 		 161 aa  198  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  60.26 
 
 		 156 aa  197  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  66.42 
 
 		 155 aa  197  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  64.44 
 
 		 153 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  61.7 
 
 		 151 aa  195  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  63.5 
 
 		 162 aa  194  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  59.6 
 
 		 157 aa  193  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  59.59 
 
 		 154 aa  192  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  59.06 
 
 		 156 aa  191  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  57.42 
 
 		 170 aa  191  3e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  61.31 
 
 		 151 aa  191  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  59.48 
 
 		 157 aa  190  7e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  62.77 
 
 		 153 aa  189  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  62.32 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  62.04 
 
 		 154 aa  188  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  60.87 
 
 		 154 aa  189  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  62.04 
 
 		 154 aa  188  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  63.5 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  60.71 
 
 		 155 aa  188  2.9999999999999997e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  61.59 
 
 		 150 aa  187  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  62.77 
 
 		 151 aa  187  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  62.77 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  62.59 
 
 		 145 aa  183  6e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  58.71 
 
 		 161 aa  182  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  56.86 
 
 		 154 aa  182  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  60.9 
 
 		 163 aa  182  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  59.15 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  59.15 
 
 		 145 aa  179  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  60.9 
 
 		 148 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  56.13 
 
 		 156 aa  179  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  55.07 
 
 		 147 aa  179  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  61.03 
 
 		 146 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  59.7 
 
 		 150 aa  178  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  58.09 
 
 		 148 aa  178  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  58.09 
 
 		 148 aa  178  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  60.15 
 
 		 148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  60.15 
 
 		 148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  59.06 
 
 		 154 aa  178  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  56.05 
 
 		 158 aa  177  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  60.15 
 
 		 148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  60.29 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  60.29 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  59.06 
 
 		 159 aa  177  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  60.29 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  60.29 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  60.29 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  60.29 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  58.57 
 
 		 150 aa  177  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  59.56 
 
 		 148 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  58.96 
 
 		 160 aa  177  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  58.09 
 
 		 151 aa  176  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  57.86 
 
 		 153 aa  176  9e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  58.57 
 
 		 143 aa  176  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  58.96 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>