More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1103 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  100 
 
 		 170 aa  357  4e-98  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  72.33 
 
 		 161 aa  253  1.0000000000000001e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  68.59 
 
 		 158 aa  240  5e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  67.74 
 
 		 158 aa  229  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  57.42 
 
 		 153 aa  191  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  54.78 
 
 		 158 aa  191  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  55.7 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  55.7 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  55.7 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  53.37 
 
 		 185 aa  185  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  56.05 
 
 		 156 aa  184  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  56.77 
 
 		 156 aa  183  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  57.52 
 
 		 159 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  53.75 
 
 		 156 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  54.14 
 
 		 156 aa  182  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  56.49 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  56.69 
 
 		 155 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  56.69 
 
 		 155 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  56.69 
 
 		 155 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  56.69 
 
 		 155 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  56.69 
 
 		 155 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  56.41 
 
 		 151 aa  181  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  56.05 
 
 		 158 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  54.84 
 
 		 161 aa  180  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  55.41 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  55.41 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  53.55 
 
 		 156 aa  178  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  54.55 
 
 		 154 aa  179  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  53.9 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  55.06 
 
 		 154 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  55.56 
 
 		 241 aa  178  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  54.14 
 
 		 158 aa  178  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  55.06 
 
 		 154 aa  178  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  58.74 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  56.13 
 
 		 155 aa  177  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  52.2 
 
 		 159 aa  177  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  54.84 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  54.32 
 
 		 159 aa  176  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  57.64 
 
 		 147 aa  174  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  52.26 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  53.9 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  57.24 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  53.9 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  53.9 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  53.9 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  57.64 
 
 		 147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  57.64 
 
 		 147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  57.64 
 
 		 147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  56.94 
 
 		 147 aa  171  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  56.43 
 
 		 148 aa  171  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  56.94 
 
 		 147 aa  171  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  56.43 
 
 		 148 aa  171  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  51.59 
 
 		 154 aa  171  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  52.26 
 
 		 156 aa  171  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  52.6 
 
 		 156 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  56 
 
 		 161 aa  170  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  58.99 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  59.29 
 
 		 151 aa  169  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  58.45 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  52.29 
 
 		 157 aa  169  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  56.25 
 
 		 143 aa  169  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  57.75 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  51.95 
 
 		 163 aa  168  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  51.95 
 
 		 163 aa  168  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  54.67 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  58.99 
 
 		 154 aa  167  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  58.27 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  55.63 
 
 		 153 aa  167  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  57.04 
 
 		 155 aa  167  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  58.57 
 
 		 151 aa  167  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  55.17 
 
 		 154 aa  166  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.25 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.25 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.25 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.25 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  54.48 
 
 		 154 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.25 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.25 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  56.25 
 
 		 146 aa  165  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  56.94 
 
 		 150 aa  164  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  55.71 
 
 		 148 aa  164  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  53.79 
 
 		 150 aa  164  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  54.05 
 
 		 159 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  50 
 
 		 164 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  51.59 
 
 		 154 aa  164  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  55.56 
 
 		 148 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  54.48 
 
 		 146 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  51.61 
 
 		 154 aa  163  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  52.63 
 
 		 157 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  52.08 
 
 		 155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1135  ribonuclease H  56.94 
 
 		 158 aa  161  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  56.03 
 
 		 153 aa  161  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>