More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0758 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  100 
 
 		 263 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  64.91 
 
 		 262 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  57.95 
 
 		 251 aa  322  4e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  63.67 
 
 		 254 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  62.64 
 
 		 254 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  58.33 
 
 		 251 aa  299  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  51.88 
 
 		 252 aa  287  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  41.07 
 
 		 272 aa  218  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  37.5 
 
 		 223 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  37.5 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  34.67 
 
 		 225 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  28.23 
 
 		 236 aa  92  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  34 
 
 		 228 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  34 
 
 		 228 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  38.73 
 
 		 143 aa  89  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  29.74 
 
 		 321 aa  88.2  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  36.62 
 
 		 220 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  35.57 
 
 		 148 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  35.57 
 
 		 148 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  28.2 
 
 		 245 aa  86.3  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  36.73 
 
 		 148 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  39.47 
 
 		 150 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  34.07 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  35.37 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  35.37 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  35.37 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  35.57 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  35.57 
 
 		 150 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  32.28 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  38.03 
 
 		 145 aa  81.3  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  35.46 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  34.75 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  28.57 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  34.75 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  36.84 
 
 		 153 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1455  Ribonuclease H  34.51 
 
 		 159 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  38.1 
 
 		 145 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  36.18 
 
 		 145 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  37.16 
 
 		 152 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  34.64 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2527  RNase HI  37.58 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  36.81 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  36.11 
 
 		 151 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  36.91 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  35.21 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  35.21 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  36.99 
 
 		 148 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  36.99 
 
 		 148 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  36.99 
 
 		 148 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  36.99 
 
 		 148 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2183  RNase HI  33.33 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  36.99 
 
 		 148 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  36.99 
 
 		 148 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 		 532 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3313  Ribonuclease H  35.1 
 
 		 157 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  31.43 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  35.42 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  36.75 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  37.59 
 
 		 146 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  35.42 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  37.93 
 
 		 151 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  35.66 
 
 		 160 aa  74.3  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  34.12 
 
 		 159 aa  74.3  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  36.17 
 
 		 149 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  37.84 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  36.88 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  35.21 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  36.88 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  36.88 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  32.22 
 
 		 163 aa  72.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  34.03 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  24.47 
 
 		 463 aa  72.4  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  33.79 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  29.22 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  34.62 
 
 		 527 aa  72  0.000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  33.33 
 
 		 155 aa  71.6  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  30.07 
 
 		 154 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0399  ribonuclease HI  34.78 
 
 		 158 aa  71.6  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0563  Ribonuclease H  34.78 
 
 		 158 aa  71.6  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  30.07 
 
 		 154 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  36.17 
 
 		 147 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  36.17 
 
 		 147 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  38.46 
 
 		 148 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  30.07 
 
 		 154 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  32.08 
 
 		 147 aa  71.6  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  35.57 
 
 		 148 aa  70.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  36.49 
 
 		 149 aa  70.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  33.8 
 
 		 191 aa  71.2  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  37.16 
 
 		 148 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  35.17 
 
 		 149 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  34.04 
 
 		 155 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  35.48 
 
 		 146 aa  70.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  35.98 
 
 		 154 aa  70.5  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  30.61 
 
 		 154 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  30.61 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  34.04 
 
 		 148 aa  70.1  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  35.46 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6404  ribonuclease H  35.53 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  35.03 
 
 		 150 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  33.33 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>