More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0399 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0399  ribonuclease HI  100 
 
 		 158 aa  315  1e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0563  Ribonuclease H  100 
 
 		 158 aa  315  1e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  58.11 
 
 		 153 aa  185  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  60.84 
 
 		 149 aa  181  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  58.74 
 
 		 150 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  59.57 
 
 		 146 aa  174  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  55.32 
 
 		 145 aa  173  6e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  54.23 
 
 		 148 aa  171  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  56.43 
 
 		 149 aa  168  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  55.4 
 
 		 150 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  52.74 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  55.4 
 
 		 150 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  52.74 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  52.74 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  52.74 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  52.74 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  52.74 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  53.42 
 
 		 152 aa  168  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  53.15 
 
 		 146 aa  167  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  55.86 
 
 		 160 aa  167  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  52.82 
 
 		 155 aa  167  7e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  51.02 
 
 		 147 aa  166  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  51.02 
 
 		 147 aa  166  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  51.02 
 
 		 147 aa  166  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  51.77 
 
 		 143 aa  166  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  52.05 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  52.86 
 
 		 148 aa  165  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  58.21 
 
 		 147 aa  166  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  51.39 
 
 		 151 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  53.74 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  53.74 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  53.42 
 
 		 153 aa  164  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  55.63 
 
 		 162 aa  164  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  49.66 
 
 		 147 aa  163  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  51.06 
 
 		 143 aa  163  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  53.73 
 
 		 152 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  55.56 
 
 		 166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  54.48 
 
 		 143 aa  162  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  51.02 
 
 		 147 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  56.72 
 
 		 150 aa  162  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  52.86 
 
 		 148 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  52.52 
 
 		 150 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  56.06 
 
 		 153 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  51.02 
 
 		 170 aa  160  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  48.98 
 
 		 147 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  48.98 
 
 		 147 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  50.71 
 
 		 148 aa  160  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  50.71 
 
 		 148 aa  160  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  54.81 
 
 		 148 aa  160  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  54.07 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  51.05 
 
 		 148 aa  158  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  51.39 
 
 		 157 aa  159  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  52.82 
 
 		 148 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  48.92 
 
 		 163 aa  157  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  50.35 
 
 		 148 aa  157  7e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  50.35 
 
 		 150 aa  156  8e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  51.41 
 
 		 148 aa  156  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  51.41 
 
 		 148 aa  156  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  51.41 
 
 		 148 aa  156  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  51.02 
 
 		 151 aa  156  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1297  ribonuclease H  52.99 
 
 		 150 aa  156  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1362  ribonuclease H  53.73 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  55.3 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  54.81 
 
 		 152 aa  155  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  55.32 
 
 		 141 aa  154  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  51.05 
 
 		 153 aa  154  5.0000000000000005e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  51.09 
 
 		 163 aa  154  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  46.31 
 
 		 155 aa  154  6e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  47.33 
 
 		 164 aa  153  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  47.95 
 
 		 154 aa  153  8e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  53.9 
 
 		 155 aa  153  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  51.43 
 
 		 147 aa  153  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  50.98 
 
 		 157 aa  153  9e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  50.36 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  50.38 
 
 		 146 aa  152  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  46.54 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  47.59 
 
 		 151 aa  152  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  52.24 
 
 		 155 aa  152  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  49.63 
 
 		 151 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  51.77 
 
 		 155 aa  152  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  48.98 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  48.98 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  52.99 
 
 		 150 aa  151  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  50.75 
 
 		 158 aa  150  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  47.59 
 
 		 151 aa  150  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  51.13 
 
 		 154 aa  150  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  50.75 
 
 		 154 aa  150  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  52.27 
 
 		 151 aa  150  5.9999999999999996e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  49.63 
 
 		 145 aa  150  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  47.1 
 
 		 185 aa  150  8e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  52.17 
 
 		 156 aa  150  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  52.48 
 
 		 185 aa  149  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>