More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0204 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  100 
 
 		 152 aa  313  4e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  71.53 
 
 		 148 aa  209  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  69.01 
 
 		 153 aa  209  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  64.83 
 
 		 163 aa  207  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  70.07 
 
 		 148 aa  206  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  65.28 
 
 		 149 aa  203  8e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  68.61 
 
 		 149 aa  197  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  68.61 
 
 		 147 aa  197  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  62.68 
 
 		 147 aa  194  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  60.99 
 
 		 147 aa  192  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  60.99 
 
 		 147 aa  192  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  60.99 
 
 		 147 aa  192  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  60.28 
 
 		 147 aa  191  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  60.99 
 
 		 147 aa  191  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  60.99 
 
 		 147 aa  191  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  59.15 
 
 		 148 aa  191  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  59.15 
 
 		 148 aa  191  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  60.14 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  58.33 
 
 		 154 aa  188  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  61.11 
 
 		 150 aa  188  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  61.31 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  61.31 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  61.31 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  61.31 
 
 		 146 aa  187  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  61.31 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  61.31 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  61.31 
 
 		 148 aa  187  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  58.33 
 
 		 151 aa  186  9e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  60.87 
 
 		 151 aa  185  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  58.45 
 
 		 148 aa  185  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  58.5 
 
 		 155 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  61.03 
 
 		 154 aa  183  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  59.85 
 
 		 148 aa  183  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  55.56 
 
 		 155 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  59.26 
 
 		 154 aa  181  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  57.75 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  59.26 
 
 		 154 aa  181  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  59.26 
 
 		 154 aa  181  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  59.72 
 
 		 150 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  60.43 
 
 		 154 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  58.99 
 
 		 150 aa  181  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  56.13 
 
 		 166 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  60.42 
 
 		 153 aa  180  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0935  ribonuclease H  68.35 
 
 		 152 aa  180  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  58.99 
 
 		 161 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  58.39 
 
 		 153 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  59.56 
 
 		 154 aa  180  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  60.58 
 
 		 150 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  60.43 
 
 		 154 aa  179  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  57.55 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  57.14 
 
 		 156 aa  178  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  56.62 
 
 		 185 aa  178  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  57.66 
 
 		 153 aa  177  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  60.61 
 
 		 154 aa  178  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  58.04 
 
 		 150 aa  177  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  58.99 
 
 		 143 aa  177  4e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  59.12 
 
 		 152 aa  177  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  58.57 
 
 		 163 aa  177  4e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  57.35 
 
 		 161 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  61.03 
 
 		 143 aa  177  5.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  58.57 
 
 		 155 aa  177  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  58.09 
 
 		 154 aa  176  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  58.82 
 
 		 155 aa  177  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  58.28 
 
 		 161 aa  176  1e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  58.7 
 
 		 153 aa  176  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  58.39 
 
 		 145 aa  175  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  57.35 
 
 		 154 aa  175  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  57.66 
 
 		 146 aa  175  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  57.66 
 
 		 154 aa  174  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  56.64 
 
 		 156 aa  174  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  55.88 
 
 		 156 aa  174  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  58.27 
 
 		 143 aa  174  5e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  57.34 
 
 		 148 aa  174  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  60.45 
 
 		 146 aa  174  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  59.72 
 
 		 150 aa  174  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2864  DNA polymerase I  54.93 
 
 		 480 aa  173  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  59.72 
 
 		 150 aa  173  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  56.74 
 
 		 147 aa  173  9e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  58.09 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  58.09 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  58.09 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  58.09 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  59.31 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  58.09 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  57.66 
 
 		 151 aa  171  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  52.45 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  57.35 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  56.2 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  56.2 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  55.56 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  54.55 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  56.62 
 
 		 173 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>