More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2757 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  100 
 
 		 254 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  72.83 
 
 		 251 aa  384  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  70.08 
 
 		 251 aa  352  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  60.46 
 
 		 262 aa  332  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  62.5 
 
 		 263 aa  307  9e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  61.48 
 
 		 254 aa  300  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  56.08 
 
 		 252 aa  296  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  42.39 
 
 		 272 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  33.05 
 
 		 236 aa  102  7e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  33.94 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  38.13 
 
 		 225 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  37.41 
 
 		 148 aa  95.5  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  36.88 
 
 		 223 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  36.05 
 
 		 148 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  36.05 
 
 		 155 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  35.97 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  36.05 
 
 		 148 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  35.97 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  36.05 
 
 		 148 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  36.05 
 
 		 148 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  36.05 
 
 		 159 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  34.69 
 
 		 161 aa  90.1  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  30.52 
 
 		 245 aa  89  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  36.24 
 
 		 150 aa  89  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  36.05 
 
 		 148 aa  88.6  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  36.24 
 
 		 150 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  36.05 
 
 		 148 aa  88.6  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  37.32 
 
 		 145 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  36.91 
 
 		 160 aa  87.4  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  39.72 
 
 		 143 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  38.3 
 
 		 185 aa  86.3  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  36.62 
 
 		 148 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  27.72 
 
 		 321 aa  86.3  5e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  36.62 
 
 		 148 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  35.81 
 
 		 153 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  36.05 
 
 		 149 aa  85.5  7e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  34.46 
 
 		 150 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  34.44 
 
 		 160 aa  85.1  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  35.81 
 
 		 149 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  35.37 
 
 		 154 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  34.25 
 
 		 149 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  35.37 
 
 		 154 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  35.37 
 
 		 154 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  34.01 
 
 		 154 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  30.21 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  34.69 
 
 		 164 aa  82.4  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  37.59 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  36.88 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  35.29 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  34.84 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2115  RNase HI  29.56 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  33.33 
 
 		 154 aa  81.3  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  33.55 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  36.3 
 
 		 151 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  38.55 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  36.84 
 
 		 164 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  33.11 
 
 		 147 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  35.62 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  36.62 
 
 		 162 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  36.49 
 
 		 156 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  34.93 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  33.33 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  37.06 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  37.41 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  36.24 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  34.01 
 
 		 157 aa  79.3  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  34.93 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  34.93 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  34.93 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  34.93 
 
 		 146 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  34.93 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  34.93 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  34.01 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  34.93 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  38.73 
 
 		 154 aa  78.2  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  32.68 
 
 		 175 aa  78.2  0.0000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  37.16 
 
 		 161 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  34.93 
 
 		 152 aa  77.8  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1455  Ribonuclease H  31.33 
 
 		 159 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  33.56 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  34.46 
 
 		 153 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  34.44 
 
 		 149 aa  77.8  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2183  RNase HI  33.54 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  35.62 
 
 		 142 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  34.48 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  33.56 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  33.56 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  33.33 
 
 		 151 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  33.33 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  26.67 
 
 		 463 aa  76.6  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  35.14 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  34.93 
 
 		 154 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  33.56 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  36.62 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  33.56 
 
 		 153 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  36 
 
 		 159 aa  77  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  35.92 
 
 		 151 aa  77  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  33.56 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2924  ribonuclease H  35.57 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  31.41 
 
 		 157 aa  76.3  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>