43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1954 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  100 
 
 		 211 aa  440  1e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03160  ribonuclease H-related protein  57.97 
 
 		 212 aa  242  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5118  ribonuclease H-related protein  53.88 
 
 		 209 aa  226  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.465125 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  51.94 
 
 		 210 aa  223  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  52.78 
 
 		 216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2542  putative ribonuclease H1  48.34 
 
 		 215 aa  211  9e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2423  double-stranded RNA/RNA-DNA hybrid binding protein-like protein  47.09 
 
 		 212 aa  201  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.214407  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3161  hypothetical protein  44.67 
 
 		 211 aa  114  8.999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.593749  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  34.09 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  32.74 
 
 		 252 aa  78.2  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  33.16 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  33.14 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  31.55 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  36.75 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  33.33 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  26.34 
 
 		 272 aa  58.9  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  57.5 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3803  hypothetical protein  27.93 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353576  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1484  ribonuclease H  28.57 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000443868  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1523  ribonuclease H  28.83 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0319  ribonuclease H1, putative  55.56 
 
 		 206 aa  52  0.000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.531487  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  33.73 
 
 		 241 aa  51.6  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44751  predicted protein  46.67 
 
 		 376 aa  51.2  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155872  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2944  ribonuclease H-related protein  48.94 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.78167e-16  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  27.78 
 
 		 463 aa  47.4  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1820  ribonuclease H  28.08 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1097  ribonuclease H  28.66 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  27.93 
 
 		 245 aa  45.8  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1536  ribonuclease H  51.22 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000285387  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl475  ribonuclease HI  47.62 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0082  ribonuclease H  28.86 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.000796029  decreased coverage  0.0000638977 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1511  ribonuclease H  36.59 
 
 		 302 aa  43.5  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  37.66 
 
 		 148 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0869  hypothetical protein  24.71 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.449554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  37.66 
 
 		 148 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  32.5 
 
 		 159 aa  42.7  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  35.53 
 
 		 251 aa  42.7  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02480  mitochondrial DNA repair and recombination protein PIF1 precursor, putative  42.5 
 
 		 691 aa  42.7  0.004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255709  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  42.55 
 
 		 321 aa  42  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00291  ribonuclease H-related protein  39.53 
 
 		 97 aa  42  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  30.56 
 
 		 145 aa  41.6  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  48.78 
 
 		 289 aa  41.6  0.01  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1622  ribonuclease H  41.86 
 
 		 209 aa  41.6  0.01  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0000792323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>