82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1213 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  100 
 
 		 216 aa  453  1.0000000000000001e-126  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  52.78 
 
 		 211 aa  213  1.9999999999999998e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2423  double-stranded RNA/RNA-DNA hybrid binding protein-like protein  51.64 
 
 		 212 aa  211  7e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.214407  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03160  ribonuclease H-related protein  48.83 
 
 		 212 aa  204  9e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2542  putative ribonuclease H1  47.56 
 
 		 215 aa  191  6e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  49.77 
 
 		 210 aa  187  9e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5118  ribonuclease H-related protein  46.51 
 
 		 209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.465125 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3161  hypothetical protein  44.67 
 
 		 211 aa  104  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.593749  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  29.85 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  29.44 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  30.64 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  28.73 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  32.28 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  29.06 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  26.99 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  28.8 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  25.65 
 
 		 272 aa  53.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1484  ribonuclease H  48.15 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000443868  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  30.3 
 
 		 254 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1523  ribonuclease H  31.65 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44751  predicted protein  42.86 
 
 		 376 aa  52.8  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155872  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf660  ribonuclease HI  46.51 
 
 		 487 aa  51.2  0.00001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.218986  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00291  ribonuclease H-related protein  46.94 
 
 		 97 aa  50.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1536  ribonuclease H  44.68 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000285387  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl475  ribonuclease HI  48.78 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  46.34 
 
 		 463 aa  49.3  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  29.06 
 
 		 321 aa  48.9  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  32.74 
 
 		 148 aa  48.5  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  32.74 
 
 		 148 aa  48.5  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1098  hypothetical protein  30.91 
 
 		 152 aa  48.5  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26429 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  25.47 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  26.42 
 
 		 245 aa  47.8  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3543  hypothetical protein  41.46 
 
 		 321 aa  47  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0291623  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  33.33 
 
 		 154 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  32.94 
 
 		 269 aa  46.2  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  33.33 
 
 		 157 aa  46.2  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  33.9 
 
 		 145 aa  46.2  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  48.78 
 
 		 251 aa  45.8  0.0005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  32.17 
 
 		 156 aa  45.1  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1622  ribonuclease H  43.9 
 
 		 209 aa  45.1  0.0009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0000792323  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  29.31 
 
 		 150 aa  44.7  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  32.74 
 
 		 155 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  33.61 
 
 		 151 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  41.43 
 
 		 157 aa  44.7  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0246  ribonuclease H  28.18 
 
 		 149 aa  44.7  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  34.45 
 
 		 151 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  32.5 
 
 		 149 aa  43.5  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  30.28 
 
 		 160 aa  43.9  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  31.25 
 
 		 149 aa  43.5  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  29.93 
 
 		 163 aa  44.3  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0319  ribonuclease H1, putative  45.45 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.531487  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1820  ribonuclease H  41.46 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  32.14 
 
 		 155 aa  43.5  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  30.97 
 
 		 161 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0263  ribonuclease H  36.25 
 
 		 146 aa  42.7  0.004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.988009  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0082  ribonuclease H  41.46 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.000796029  decreased coverage  0.0000638977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  30.97 
 
 		 150 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1097  ribonuclease H  41.46 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1511  ribonuclease H  36.14 
 
 		 302 aa  42.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182171  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0428  ribonuclease H  35.29 
 
 		 302 aa  42.7  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  33.62 
 
 		 147 aa  42.4  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  34.48 
 
 		 146 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  37.5 
 
 		 159 aa  42.4  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3803  hypothetical protein  27.89 
 
 		 203 aa  42  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353576  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  35.4 
 
 		 148 aa  42  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  32.77 
 
 		 154 aa  42.4  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  31.62 
 
 		 157 aa  42  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  35.4 
 
 		 148 aa  42  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  35.4 
 
 		 148 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  35.4 
 
 		 148 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  35.4 
 
 		 148 aa  42  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  35.4 
 
 		 148 aa  42  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  29.82 
 
 		 152 aa  42  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6404  ribonuclease H  35.62 
 
 		 215 aa  42  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  29.6 
 
 		 151 aa  42  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  31.53 
 
 		 151 aa  42  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  31.09 
 
 		 154 aa  42  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4135  ribonuclease H  29.41 
 
 		 176 aa  42  0.008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.204286  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  31.09 
 
 		 154 aa  42  0.008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  40 
 
 		 155 aa  41.6  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  28.93 
 
 		 154 aa  41.6  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  31.71 
 
 		 154 aa  41.6  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>