38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_03160 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_03160  ribonuclease H-related protein  100 
 
 		 212 aa  436  1e-121  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  57.97 
 
 		 211 aa  242  3.9999999999999997e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2542  putative ribonuclease H1  47.47 
 
 		 215 aa  216  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5118  ribonuclease H-related protein  51.2 
 
 		 209 aa  214  7e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.465125 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2423  double-stranded RNA/RNA-DNA hybrid binding protein-like protein  49.77 
 
 		 212 aa  214  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.214407  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  48.83 
 
 		 216 aa  204  9e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  46.6 
 
 		 210 aa  201  7e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3161  hypothetical protein  44.44 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.593749  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  32.4 
 
 		 252 aa  65.1  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  29.01 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  29.61 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  31.79 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2944  ribonuclease H-related protein  36 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.78167e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  25 
 
 		 254 aa  53.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  51.16 
 
 		 222 aa  51.6  0.000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  27.87 
 
 		 272 aa  50.4  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  34 
 
 		 262 aa  50.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00291  ribonuclease H-related protein  44.19 
 
 		 97 aa  50.1  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  44 
 
 		 251 aa  49.3  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  28.42 
 
 		 245 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl475  ribonuclease HI  45.24 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02480  mitochondrial DNA repair and recombination protein PIF1 precursor, putative  42.86 
 
 		 691 aa  47  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255709  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1523  ribonuclease H  25.52 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  39.58 
 
 		 463 aa  46.6  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1098  hypothetical protein  35.35 
 
 		 152 aa  46.2  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26429 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1820  ribonuclease H  44.74 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1097  ribonuclease H  44.74 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1484  ribonuclease H  25.52 
 
 		 221 aa  45.4  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000443868  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3543  hypothetical protein  35.42 
 
 		 321 aa  45.1  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0291623  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  27.06 
 
 		 263 aa  44.3  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  28.49 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  27.92 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0082  ribonuclease H  36.54 
 
 		 201 aa  44.3  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.000796029  decreased coverage  0.0000638977 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  34.12 
 
 		 159 aa  43.9  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0319  ribonuclease H1, putative  43.75 
 
 		 206 aa  43.5  0.003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.531487  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  46.51 
 
 		 321 aa  43.1  0.003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1536  ribonuclease H  48.57 
 
 		 194 aa  42.4  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000285387  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1703  putative ribonuclease HI  38.1 
 
 		 209 aa  41.6  0.009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0820498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>