More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1189 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  100 
 
 		 245 aa  514  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  50.63 
 
 		 241 aa  254  9e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  44.12 
 
 		 236 aa  215  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  52.63 
 
 		 159 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  52.38 
 
 		 163 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  52.38 
 
 		 163 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  50.68 
 
 		 157 aa  172  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  52.38 
 
 		 154 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  50 
 
 		 158 aa  152  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  50 
 
 		 145 aa  148  7e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2969  Ribonuclease H  52.74 
 
 		 157 aa  148  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  48.03 
 
 		 170 aa  147  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  47.62 
 
 		 159 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  47.97 
 
 		 156 aa  144  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  44.9 
 
 		 157 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  47.26 
 
 		 156 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  44.22 
 
 		 158 aa  143  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  46.1 
 
 		 153 aa  142  4e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  47.14 
 
 		 185 aa  141  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  46.41 
 
 		 158 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  46.36 
 
 		 161 aa  140  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  44.68 
 
 		 155 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  45.21 
 
 		 158 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  45.21 
 
 		 158 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  44.52 
 
 		 158 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  43.84 
 
 		 158 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  47.83 
 
 		 147 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  45.07 
 
 		 146 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  45.14 
 
 		 156 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  45.07 
 
 		 146 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  48.32 
 
 		 192 aa  135  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  47.83 
 
 		 148 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  47.83 
 
 		 153 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  45.45 
 
 		 158 aa  135  7.000000000000001e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  44.29 
 
 		 163 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  42.86 
 
 		 159 aa  135  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  47.83 
 
 		 148 aa  135  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  45.21 
 
 		 156 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  46.43 
 
 		 159 aa  134  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  45 
 
 		 148 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  45 
 
 		 148 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  42.57 
 
 		 156 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2924  ribonuclease H  45.26 
 
 		 159 aa  133  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  45.11 
 
 		 152 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  42.36 
 
 		 154 aa  133  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  43.66 
 
 		 146 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  47.14 
 
 		 149 aa  133  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  46.81 
 
 		 148 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  46.81 
 
 		 148 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  43.57 
 
 		 147 aa  132  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  45 
 
 		 157 aa  132  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  46.81 
 
 		 148 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1135  ribonuclease H  45.39 
 
 		 158 aa  133  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  42.96 
 
 		 146 aa  133  3e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  46.81 
 
 		 148 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  45.14 
 
 		 155 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  42.86 
 
 		 146 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  43.15 
 
 		 156 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  45.65 
 
 		 143 aa  132  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1098  hypothetical protein  43.54 
 
 		 152 aa  132  6e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26429 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  43.06 
 
 		 147 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  43.06 
 
 		 147 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  47.37 
 
 		 148 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  42.86 
 
 		 156 aa  131  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  45.71 
 
 		 159 aa  131  9e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  42.47 
 
 		 156 aa  131  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  47.37 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  47.37 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  42.45 
 
 		 145 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  47.37 
 
 		 146 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  43.62 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  47.37 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  47.37 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  43.06 
 
 		 154 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  47.37 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  47.37 
 
 		 148 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  43.17 
 
 		 154 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  43.88 
 
 		 156 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0673  ribonuclease H  42.25 
 
 		 147 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  43.88 
 
 		 156 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  45.26 
 
 		 152 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  43.88 
 
 		 156 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  43.88 
 
 		 156 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  43.57 
 
 		 161 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  47.76 
 
 		 151 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  43.57 
 
 		 147 aa  129  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  42.86 
 
 		 147 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  42.86 
 
 		 147 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  42.86 
 
 		 147 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  46.04 
 
 		 155 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  45.65 
 
 		 154 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  43.17 
 
 		 154 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>