More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6189 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6189  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 329 aa  665    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3835  LysR family transcriptional regulator  77.81 
 
 		 329 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3512  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 302 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00807403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4354  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 302 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294193  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4012  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 302 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2071  LysR family transcriptional regulator  59.53 
 
 		 302 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.152611  normal  0.829047 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6523  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  0.714407 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6239  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 307 aa  325  9e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6559  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 304 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6558  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 301 aa  255  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0822  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  35.69 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0309  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.765891  normal  0.171881 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  32.9 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 316 aa  159  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  156  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  33 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0873  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 325 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3356  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  31.65 
 
 		 300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3209  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  31.65 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  31.31 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0765  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.745241  normal  0.818209 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 323 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3321  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>