More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6523 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6523  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  0.714407 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6239  LysR family transcriptional regulator  97.39 
 
 		 307 aa  597  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6189  transcriptional regulator, LysR family  50.5 
 
 		 329 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3835  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 329 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4012  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  318  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4354  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  318  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294193  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3512  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 302 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00807403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2071  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 302 aa  315  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.152611  normal  0.829047 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6559  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  295  7e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6558  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 317 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0309  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 299 aa  160  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.765891  normal  0.171881 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  33.22 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0822  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 337 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 337 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>