More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3979 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3979  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  100 
 
 		 366 aa  725    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.577756 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  27 
 
 		 368 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  31.99 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  26.51 
 
 		 364 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1012  regulatory protein GntR, HTH  24.59 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1012  regulatory protein GntR HTH  25.27 
 
 		 370 aa  99.8  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 		 328 aa  95.1  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0485  GntR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 365 aa  93.6  4e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00291499  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 330 aa  94  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 		 356 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1083  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0310257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  27.86 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2750  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  29.17 
 
 		 379 aa  89.7  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0161564  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0595  LacI family transcription regulator  25.34 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000015362  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  26.74 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.39 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3606  LacI family transcription regulator  28.21 
 
 		 355 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2498  transcriptional regulator, LacI family  30.74 
 
 		 336 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.47815 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  24.9 
 
 		 342 aa  87.4  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  27.04 
 
 		 333 aa  87.4  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 337 aa  87  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  23.28 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0081  GntR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 533 aa  84.3  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0322745  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1193  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  normal  0.122686 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2074  transcriptional regulator, LacI family  24.42 
 
 		 338 aa  82  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  24.73 
 
 		 343 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  26.43 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  23.37 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  25.19 
 
 		 381 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  28.87 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  24.69 
 
 		 348 aa  80.1  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4061  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  26.71 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  21.37 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0226  GntR family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 362 aa  79.3  0.00000000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 		 351 aa  79  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  26.5 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  26.5 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  27.6 
 
 		 338 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  26.5 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0851  GntR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0546465  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2901  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  24.22 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.812562  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  24.46 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.79 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2905  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  24.29 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.532427  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  33.17 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0673  regulatory protein GntR HTH  23.78 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2710  regulatory protein, LacI  19.53 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91732  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.56 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  27.11 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  22.13 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  26.24 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  23.17 
 
 		 333 aa  76.6  0.0000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.88 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3470  regulatory protein GntR HTH  21.41 
 
 		 364 aa  76.6  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000106127  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.88 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  27.8 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.88 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.88 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.88 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 379 aa  76.3  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.86 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  26.15 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  26.15 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0466  transcriptional regulator, LacI family  24.54 
 
 		 347 aa  75.9  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.450137  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2073  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000787477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  29.61 
 
 		 342 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  25.74 
 
 		 349 aa  75.9  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0301  regulatory protein GntR HTH  22.8 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.814124  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.62 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.35 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0141  transcriptional regulator, LacI family  28.29 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  22.08 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  26.15 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  24.89 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  24.44 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.2 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  25.27 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  25.27 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  26.94 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  28.63 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2059  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  26.61 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.256407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  25.98 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0271  transcriptional regulator, LacI family  27.67 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.07 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.96 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  21.77 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0113  transcriptional regulator, LacI family  31.98 
 
 		 350 aa  73.9  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  26.82 
 
 		 362 aa  73.6  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.96 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>