More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1012 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1012  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 370 aa  746    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  26.84 
 
 		 368 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3979  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  25.27 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.577756 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  25.22 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  25.09 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  26.78 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2750  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  26.38 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0161564  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  24.47 
 
 		 336 aa  89.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  25.93 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  23.21 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.35 
 
 		 336 aa  86.7  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 335 aa  86.7  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 		 352 aa  85.9  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  24.4 
 
 		 343 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3470  regulatory protein GntR HTH  24.03 
 
 		 364 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000106127  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  25.3 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  24.09 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  24.82 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  27.31 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  22.41 
 
 		 364 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  24.64 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2059  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  24.9 
 
 		 382 aa  82.8  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.256407  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.07 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  25.89 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  24.79 
 
 		 386 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0851  GntR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0546465  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3632  transcriptional regulator, LacI family  25.24 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1012  regulatory protein GntR, HTH  25.71 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  22.66 
 
 		 340 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  24.15 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  23.74 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  25.56 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  21.94 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  21.94 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  26.15 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2901  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  22.04 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.812562  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  24.1 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  23.3 
 
 		 345 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2905  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  21.94 
 
 		 372 aa  75.9  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.532427  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  23.77 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2710  regulatory protein, LacI  23.74 
 
 		 336 aa  75.9  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91732  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.6 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  24.21 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  22.99 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  20.98 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  22.3 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  23.7 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  22.42 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  21.24 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  23.82 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  21.91 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.67 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  23.66 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.08 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  24 
 
 		 344 aa  72.8  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0485  GntR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 365 aa  72.8  0.000000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00291499  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  22.52 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 339 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  21.88 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0226  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  23.74 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  18.11 
 
 		 364 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  25.29 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  25.82 
 
 		 349 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  24 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  23.45 
 
 		 346 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  21.88 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  23.51 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  24.23 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  22.82 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  22.82 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  22.19 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  23.71 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  20.79 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.04 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4042  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.09 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  24.92 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  23.15 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  22.66 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  23.15 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  23.15 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  23.15 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  23.45 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  22.42 
 
 		 364 aa  69.7  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.17574 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  23.15 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  22.26 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.59 
 
 		 348 aa  69.3  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  40.86 
 
 		 245 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  21.48 
 
 		 346 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  21.25 
 
 		 331 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>