More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3470 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3470  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 
364 aa  751    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000106127  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2901  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  42.78 
 
 
375 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.812562  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2905  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  42.74 
 
 
372 aa  301  2e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.532427  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  38.55 
 
 
364 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0851  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
359 aa  244  9.999999999999999e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0546465  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2228  regulatory protein GntR HTH  41.59 
 
 
370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.916284  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0485  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
365 aa  237  2e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00291499  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0226  GntR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
362 aa  220  3e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0301  regulatory protein GntR HTH  32.61 
 
 
353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.814124  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0673  regulatory protein GntR HTH  30.59 
 
 
351 aa  166  8e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0649  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.94 
 
 
318 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.174613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  26.94 
 
 
364 aa  143  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30.45 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  29.32 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  26.39 
 
 
354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  29.25 
 
 
368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  29.83 
 
 
337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  27.61 
 
 
336 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.33 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 
333 aa  126  7e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.06 
 
 
333 aa  125  9e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 
333 aa  125  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.42 
 
 
335 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 
342 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  29.18 
 
 
335 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 
342 aa  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.67 
 
 
342 aa  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.37 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.14 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.32 
 
 
335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.51 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  27.09 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.28 
 
 
333 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.24 
 
 
336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.58 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  30.31 
 
 
343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 
336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.05 
 
 
341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  30.17 
 
 
327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.05 
 
 
341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.05 
 
 
341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.05 
 
 
341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.05 
 
 
341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.15 
 
 
341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.15 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  27.18 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.28 
 
 
343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  26.55 
 
 
340 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.34 
 
 
361 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  27.09 
 
 
357 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.79 
 
 
328 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.11 
 
 
331 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  28.91 
 
 
334 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.67 
 
 
336 aa  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0466  transcriptional regulator, LacI family  27.49 
 
 
347 aa  113  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.450137  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  26.86 
 
 
342 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  30.1 
 
 
346 aa  112  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  25.68 
 
 
334 aa  112  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.18 
 
 
333 aa  112  9e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.74 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  26.01 
 
 
335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  27.18 
 
 
346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  27.41 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 
357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  24.35 
 
 
355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  26.8 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.42 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.86 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  25.18 
 
 
347 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  27.93 
 
 
340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  27.7 
 
 
332 aa  110  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.62 
 
 
341 aa  109  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
341 aa  110  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  29.19 
 
 
338 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4611  transcriptional regulator, LacI family  27.99 
 
 
344 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  28.17 
 
 
347 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  26.34 
 
 
352 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  28.38 
 
 
337 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  28.07 
 
 
343 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  28.72 
 
 
332 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2750  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  24.71 
 
 
379 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0161564  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 
324 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1460  transcriptional regulator, LacI family  26.22 
 
 
356 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0141269 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  23.37 
 
 
340 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  27.24 
 
 
339 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  28.82 
 
 
336 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1419  transcriptional regulator, LacI family  26.22 
 
 
356 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.933801  normal  0.184887 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 
333 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.889959 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  24.92 
 
 
341 aa  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
330 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
341 aa  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
341 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
341 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
343 aa  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.21 
 
 
337 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.92 
 
 
343 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  24.92 
 
 
341 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  28.17 
 
 
334 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>